遗传学上将控制自交不亲和的位点称为S-locus，通常S-locus包含至少两个基因：一个编码雄性决定因子，只在花粉中表达；另一个编码雌性决定因子，只在雌蕊中表达。这两个基因都具有很高的序列多态性（有点类似人类免疫系统中的抗体基因Ig），而且这两个基因紧密连锁在一起，作为一个遗传单元传递，这样不同类型的雄性基因和雌性基因组合就构成了独特的S-haplotype。当成千上万的花粉落到柱头上的时候，来自同一个S-hyplotype的雄性因子和雌性因子会在花粉管中发生蛋白互作，产生一系列副作用，导致花粉管不能生长，无法完成受精；而来自不同的S-hyplotype的花粉则能正常生长。而番茄就是通过RNase-SLF/SFB这样一种机制来识别自我/非自我的(
Self-Incompatibility in plants
)。
尽管自交不亲和在很多物种中能够独立进化出来，但是SI丢失的概率远大于进化出来的概率。因为S-locus是一个单位点多基因控制的系统，必须整个系统完整才能发挥SI作用，一旦某个基因发生突变，出现故障，SI系统就无法维持；而且一旦SI系统停止运行，会连带降低系统内其他基因的选择压，加速突变，形成一种正反馈效应，最终导致SI系统崩溃，而且这种转变几乎无法逆转(
SI to SC Transition
)。茄科曾经发生过至少60次的SI丢失的现象，而番茄类成员中就独立发生了8次(
loss of SI in Solanaceae
)。为什么野生番茄SI丢失如此频繁？而且现代番茄的SI丢失又是从哪一次来的？
茄属番茄类成员包括现代番茄一共有13个，其中有4个是完全自交亲和，5个是完全自交不亲和，还有4个是兼性自交亲和(
Mating System
)。这种兼性自交亲和是一种不完全的自交亲和，可以看做SI转变成SC的进行时，种群中既存在SI的个体，也存在SC的个体。
果然1999年McClure就在烟草中找到了一个与S-locus不连锁的基因HT控制SI(
HT protein
)，随后日本人Kondo对番茄属的成员的HT的两个同源基因HT-A和HT-B进行测序，发现大部分SC番茄的HT-B基因都存在缺陷，而这个缺陷来自一个碱基的替换，提前形成了一个终止子，使HT-B基因失活（
evolution of self-compatibility in Lycopersicon
）。至此找到了番茄开启驯化历程的根源。这次突变大概发生在番茄属分化的中早期，这也是为什么我们看到在番茄属中约2/3的物种都存在自交亲和现象。由于突变造成SI丢失，S-locus的RNase失去了选择压，变异频率激增，这也造成了番茄属类SI频繁丢失的错觉。
