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空间转录组技术,应用前景广阔!

生命科学产业观察  · 公众号  ·  · 2024-12-26 08:17

正文

有观点,有态度
这是生命科学产业观察公众号的第 1224-3 期文章
01
序言








空间转录组技术 ,作为继单细胞测序技术之后的又一重大技术突破,它能够在组织水平上揭示基因表达的空间异质性。这项技术突破了传统转录组测序的局限,不再仅仅提供细胞或组织的总体基因表达信息,而是能够精确定位基因表达的空间位置,为研究细胞间相互作用和组织结构提供了前所未有的视角。

空间转录组测序技术的应用领域广泛,包括但不限于疾病机理研究、药物开发、组织发育和肿瘤微环境分析。通过这项技术,科研人员能够更深入地理解基因表达如何在不同组织区域中变化,以及这些变化如何影响组织功能和疾病发展。


02
SalusSTS 技术优势








赛陆医疗空间转录组技术 SalusSTS 基于赛陆高通量二代测序平台构建原位捕获芯片。 芯片表面通过杂交扩增的形式种植着高密度探针簇,这些探针簇由随机生成的空间条形码序列 SBC、UMI 序列和 Poly T 序列等核心序列组成。最后,通过测序解析空间条码序列与坐标位置的映射关系,得到带有空间编码信息的空间转录组芯片。赛陆医疗空间转录组芯片通过独特的表面扩增技术,在实现了高分辨率(~1μm)的同时,也实现了超高密度探针覆盖,达到~55,000/μm²,显著高于其他空间转录组技术芯片,是目前灵敏度最高的空间转录组技术之一。赛陆医疗空间转录组技术将成为您科研路上的有力工具。


0 3
精准数据展示








以下应用案例,展示了赛陆医疗空间转录组测序技术强大的检测能力和优秀的数据质量:

案例 1: 小鼠睾丸组织的空间转录组分析

捕获 UMI 数(10x10 μ㎡ 区域):801(常规质控要求>500,数值越高,表明捕获到的有效分子信息越多);

SBC 有效率:86%(常规质控要求>70%,数值越高,表明数据准确性越高);

rRNA 比例:1.2%(常规质控要求<5%,数值越低,表明测序数据中非编码 RNA 的污染越低,数据的纯净度越好)

案例 2: 小鼠 组织的空间转录组分析

捕获 UMI 数(10x10 μ㎡ 区域): 1,015(常规质控要求>500,数值越高,表明捕获到的有效分子信息越多));

SBC 有效率:83%(常规质控要求>70%,数值越高,表明数据准确性越高;

rRNA 比例:0.5%(常规质控要求<5%,数值越低,表明测序数据中非编码 RNA 的污染越低,数据的纯净度越好)

案例3:小鼠肾脏临片对比结果

通过小鼠肾脏临片对比数据可见,赛陆空间转录组数据的稳定性

小鼠肾脏的临片对比(降维聚类图)

Cluster特征基因表达谱

各个Cluster基因表达一致性

除以上组织外,赛陆空间转录组测序技术在人、小鼠、大鼠、蜜蜂等多个物种多种组织器官中,均已完成测试,数据表现优异,以下是常见研究物种的数据表现:


0 4
结语








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