组学分析显示两个基因表达强相关，怎么就是验证不出调控关系呢？

在国自然项目和文章中，为了证明基因 A 对基因 B 的调控，我们一般都会分析一下基因 A 与基因 B 之间的表达相关性， 如果结果显示基因 A 与基因 B 之间存在显著强相关性（ P<0.05 ，一般相关系数的绝对值需要大于 0.3 ），这个相关性的数据可以作为 A 调控 B 表达的一个支持性证据：

当然，基于 A 调控 B 表达的假说，也可以一开始从数据分析进行筛选，而相关性分析一般也是其中一个筛选的指标， 然后基于相关性就可以初步筛选可能调控基因 B 的候选基因 A 了。

当然，在后续实验验证（比如把 A 沉默、过表达、抑制或者激活后检测基因 B 的表达）的时候就会出现题目中的问题： 虽然基因 A 与基因 B 表达上呈现强相关，但是怎么都验证不出来基因 A 对基因 B 的调控关系。

我们假定实验结果没有问题，即基因 A 沉默后确实没有影响基因 B 表达，然后简单分析一下可能的原因。第一个原因相信大家都能想到： 基因 A 在基因 B 的下游，而非上游 。这个比较好验证，反过来干预基因 B 以后看看基因 A 表达就可以了。

我们主要说一下其它影响基因表达相关性的一个重要原因： 基因 A 与基因 B 可能被共同的调控因子 C 所影响 ，即转录因子 TF 同时调控了基因 A 与基因 B 的转录， 特别是很多在功能上成簇的基因，以及在染色质位置上很近的基因：

比如，一开始我们看到的图中的 补体基因及其受体（ C1QA/C1S/C1R/C3 ）之间总体相关性都是比较高的 ：

这样的例子还很常见于 细胞因子之间，我们可以留意一下像 IL6 、 IL1 β、 TNF 、 Caspase1 等这些功能上经常“狼狈为奸”的基因表达经常呈较强的正相关性 ，比如下面这个数据集中 IL6 — IL1 β Spearman 系数 =0.48 ， IL6 — IL10 Spearman 系数 =0.47 ：

当然， 这些基因之间还是可能存在调控关系的 ，不过我们也可以对照看一下经典的调控 IL6 、 IL1 β的转录因子与这些基因的相关性，其实我们看到 STAT3 与 IL6 的相关性并不高（只有 0.32 ），而 STAT1