GC-MS
联用后，气相色谱仪部分的气路系统和质谱仪的真空系统几乎不变，仅增加了接口的气路和接口真空系统。
我们把气质联用法和气相色谱法作一简单比较，可见如下一些性能和操作上的区别。
1.GC-MS
方法定性参数增加，定性可靠。
GC-MS
方法不仅与
GC
方法一样能提供保留时间，而且还能提供质谱图，由质谱图、分子离子峰的准确质量、碎片离子峰强比、同位素离子峰、选择离子的子离子质谱图等使
GC-MS
方法定性远比
GC
方法可靠。
2.GC-MS
方法是一种通用的色谱检测方法，但灵敏度却远高于
GC
方法中的通用检测器中任何一种。
GC
方法中常用的只有
FID
和
TCD
是通用检测器，其余都是选择性检测器，与检测样品中的元素或官能团有关。
3.
虽然用气相色谱仪的选择性检测器，能对一些特殊的化合物进行检测，不受复杂基质的干扰，但难以用同一检测器同时检测多类不同的化合物，而不受基质的干扰。而采用色质联用中的提取离子色谱、选择离子检测等技术可降低化学噪声的影响，分离出总离子图上尚未分离的色谱峰。在色质联用技术中，高分辨质谱的联用仪检测准确质量数、串联质谱（时间串联或空间串联）的选择反应检测或选择离子子离子检测等均能在一定程度上降低化学噪音，提高信噪比。
4.
从气相色谱和气质联用的一般经验来说、质谱仪定量似乎总不如气相色谱仪，但是，由于气质联用可用同位素稀释和内标技术，以及质谱技术的不断改进，气质联用仪的定量分析精度极大改善。在一些低浓度的定量分析中，接近多数气相色谱仪检测器的检测下限时，气质联用仪的定量精度优于气相色谱仪。
