目前我国实施公益创投的主体很多，除了政府、基金会、残联外，还有共青团、妇联等群体组织也在搞公益创投。公益创投是一个系统工程，至少涉及三个方面：
出资方（购买方）
实施方(社会组织)
作为承办方的第三方专业机构。
▶ 第一、从出资方（购买方）角度看，首先是缺乏对公益创投了解，准备不足。
公益创投是一个新生事物，在我国刚刚起步，有的出资方（购买方）还没搞明白公益创投到底是怎么一回事，有哪些要求，目的是什么，就搞起来了。这就造成制定的实施计划和方案不准确，不科学，不合理，缺乏可行性；有的只重形式，不重效果；有的项目申请书的内容不完善，缺乏一些项目的基本要素，影响公益创投的质量。
▶ 第二、对公益创投的认识不足。
现在很多地方政府搞公益创投的资金仅限于福利彩票，没有纳入财政预算的资金。而根据国务院和有关部委的文件要求，政府要加大购买力度，要拿出财政资金开展公益创投。
▶ 第三、出资方（购买方）缺乏相关知识和能力，不能找到称职的第三方机构来承办公益创投，质量无法保证。
▶ 第四、由于缺乏项目的概念和成果的意识，出资方（购买方）重形式和服务人数，轻实际效果。
在公益创投中普遍存在把活动当项目，把产出当成果的现象。有的公益创投项目钱花的不少，看起来轰轰烈烈，但是服务对象没有受益，社会问题没有解决，造成资源的浪费。
▶ 第五、人工费是实施公益项目必要的、甚至是很大一笔成本。
但是有的出资方（购买方）在公益创投的项目经费中不考虑项目的人员经费，造成社会组织为解决项目人员成本不得不做假账。
▶ 第六、极少数地方出现了寻租现象。
公益创投有资金，有的地方存在“潜规则”，甚至社会组织在拿到入选项目资金后要“返利”。
▶ 第七、资金分配不合理。
由于有些社会组织政社不分，公益创投的资金大部分落到了有政府背景的或和出资方（购买方）有关系的社会组织手里，真正有能力、会干事的民间的社会组织却得不到。公益创投变成了“从右口袋到左口袋”的游戏。
▶ 第八、缺乏或没有有效的绩效管理和绩效评价机制。
有的公益创投结束后没有评估，有的由承办方负责评估，存在“既当运动员又当裁判员”的现象。
作为承接公益创投的第三方专业机构，按理应该为出资方（购买方）把好资金使用关，为公益创投的质量负责。但是现在，第三方机构也面临自身能力不足的问题。有的根本不懂公益创投，没有这方面的知识；有的负责人和具体工作人员没有经验，缺乏能力；有的是承接项目后再去招人，很难保证质量。
其次，第三方机构在组织评审和聘请评审专家方面存在很大问题。有的评审专家没有公益项目的知识和经验，无法判断项目的质量如何，看不出项目存在的问题。有的评审把关不严，不该给钱的项目也拿到了钱。结果造成有的社会组织拿到了钱，项目却无法完成。据我了解有的地方公益创投项目无法完成的比例大约为10%左右.
再次，第三方机构在前期的培训指导、项目的个性化辅导、项目的优化和帮助社会组织去做有成果的项目等方面的工作没有做，或者做的不到位。有的项目服务对象太宽泛，目标不清楚，造成项目质量很差。有的第三方机构自己都搞不清项目与活动、成果与产出的区别，在项目监测和评估时只看活动和人数，忽视项目的具体成果。结果造成承接公益创投项目的社会组织忙于应付项目申请书里要完成的活动和人数，不重视项目的成果。
最后，片面追求形式创新，不重视成效。有的承办方简单采用娱乐节目大众评选的方式培训项目，由于大众评审团成员的选择缺乏科学、合理、公正的标准，加上一般公众不知道一个有效项目的基本要素和要求，造成该选的没选上，不该选的却选上了的现象。
从社会组织上来看，现在社会组织总体上数量还不多，质量还不高，所以有的地方出现了公益创投力度不小，但真正有条件和能力能承接公益创投项目的社会组织，特别是那种直接能提供社会服务的社会组织太少，资金用不掉的情况。现在很多地方的社会组织中很大一部分是一些社团、协会、学校、幼儿园。
其次，社会组织的专业素质不高，很多社会组织为了多拿项目，多得经费，什么都做，但什么也做得不精，质量不高。
第三，社会组织内部治理结构不健全，突出表现就是理事会形同虚设，不起作用。很多机构就是由主任、秘书长一个人说了算；还有的机构政社不分，官民一体。
第四，社会组织普遍缺乏项目的概念，缺乏注重成果的心态。把活动当项目，把产出当成果，不能有效满足需求，解决社会问题。
最后，社会组织的公信力信偏低。包括有的打着公益的旗号牟利，实际上是在把公益创投当作为生意来做，它们的财务管理和项目实施中都存在很多问题。
