单细胞测序与空间转录组学数据分析研讨会战班【9月24-25日】

单细胞测序及空间转录组学生物信息分析会议日程

第一天上午

单细胞测序技术与应用

1. 单细胞组学技术的发展和原理。

2. 单细胞在各个科研领域的应用。

3. 单细胞高分文章分析思路解析（细胞群鉴定、拟时序分析、差异表达、功能富集、转录因子、细胞通讯等）。

4. 单细胞组学分析常用数据库介绍及使用。

理论

第一天下午 及晚上

单细胞 组学 数据分析实操

1. R 语言简介及安装， RStudio 的安装及使用说明。

2. R 语言语法介绍及常用命令。

3. R 语言的 数据处理功能及统计应用。

4 . 10X 官方单细胞软件 Cellranger 讲解及实操。

5 . 从基因表达矩阵开始到 marker 基因筛选全过程讲解及实操。

6 . 通过 Seurat 软件进行 PCA 及 tSNE 降维。

7 . 单细胞转录组细胞鉴定及聚类分析。

8 . 单细胞转录组差异分析。

实操

第二天上午

单细胞转录组轨迹、通路、转录因子 等 分析及绘图实操

1. 通过 Seurat 合并多样本及消除样本异质性。

2 . 通过 Monocle 软件进行单细胞转录组拟时间分析。

3. 通过 DAVID 及 metascape 网站进行通路富集分析。

4 . 通过 GSVA 计算细胞通路得分信号等。

5. 通过 cellphonedb 进行 细胞互作 分析。

6 . 通过 infercnv 推断 染色体拷贝数变异 。

7. 通过 SCENIC 软件进行转录因子预测分析 。

实操

第 二 天下午

空间转录组 + 单细胞测序联合分析

1 . 空间转录组基本概念及原理。

2 . 单细胞及空间转录组研究思路及案例分享。

3. 单细胞和空间转录组联合课题设计。

4 . 空间转录组数据分析。

5. 通过 Seurat 进行空间变量特征的识别。

6. 与单细胞数据关联分析（空间细胞类型定义）。

7. 通过 Seurat 处理多个切片。

理论 + 实操

备注：自备电脑， windows电脑建议 win10 64位以上系统，内存不低于4G，建议8G以上。 上课主要软件为 R和Rstudio 。