在生存分析,这个网站还不错!一文中,我们介绍了通过KM plotter绘制出文章中可以直接使用的图片,接下来我们继续介绍通过Oncomine来介绍如何找到可以直接放到文章里面的结果,实际上我们在为什么TCGA数据显示P53是癌基因?一文中已经展示了:
下面我们来展示具体步骤:
1. 打开Oncomine(https://www.oncomine.org/resource/login.html),并注册。
注意:需要edu的邮箱注册,大家可以使用学校的邮箱,如果学校没有。可以留言到后台,请“依然拔”同学帮大家解决。
2. 打开以后页面如下:
3. 在上面页面的左侧有filter选项,是我们需要设置的:
4. 我们单击红框的Differential Analysis,并在Cancer Type里面选择我们要研究的肿瘤类型:肾癌
5. 选择好以后在刚才我们看到的filter里面就出现了我们的两个选项
6. 输入我们要查询的分子名称:TP53,这时我们看到不仅出现了TP53,还有P53的突变亚型,这里我们选择第一个红色的TP53:
7. 我们看到下面的界面,其中红框是我们可以设置的,包括P-value,fold change,Gene Rank,默认的P 值是P-value,fold chage(倍数)是2倍:
8. 这里我们就不设置了,我们直接选择第一个选项(Higgins Renal)的子选项,就可以看到右侧的图了,展示的是每个样本中TP53的表达结果:
9. 我们换一下展示形式,变为箱式图:
10. 结果就出来了:
这样的结果可以直接使用,比如文章Suppression of Aurora-A-FLJ10540 signaling axis
prohibits the malignant state of head and neck
cancer中的fig1A:
最后补充说明下:数据库挖掘和生物信息学分析是我们科研的工具的手段,特别是当我们拿到几百个基因时,这些工具可以帮我们大大缩小研究范围,大家可以好好使用这些工具,使用数据库挖掘和生物信息学分析已经成为高分文章的一种常见手段。
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