专栏名称: 生信媛
生信媛,从1人分享,到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程,持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。
51好读  ›  专栏  ›  生信媛

网页版RStudio的Seurat让我自闭

生信媛  · 公众号  · 生物  · 2020-05-02 19:27

正文

请到「今天看啥」查看全文


在网页版的Rstuio加载Seurat时,等待了很久都没有成功,刷新网页后就出现了如下的提示

报错信息

测试了其他包,例如ggplot2,都没有任何问题,唯独是Seurat出现了问题,因此我用关键词"seurat cause rsession terminated" 进行搜索,发现有人在Rstudio的社区上提出了这个问题,看来我并不是一个人遇到这个问题。

我尝试里帖子https://community.rstudio.com/t/r-studio-crashes-when-loading-seurat-package/57931的解决方法,也就是卸载reticulate, 卸载Seurat,然后重装Seurat,但是对我而言没有什么效果。

remove.packages('reticulate')remove.packages('Seurat')install.packages('Seurat')library(Seurat)

同时有人在Seurat的GitHub中提出了这个问题,作者认为这个问题只会在Rstudio中出现,因此关闭了Issue。换句话说,这可能是Rstudio独享的moment。

我又测试了重启Rstudio服务器,发现这也没有什么效果。 甚至将我的Rstudio-server升级到最新版本,也没有解决这个问题。

并且更令人吃惊的是,这个问题只在我的用户中存在,其他用户并没有这个报错。

因此,目前我想到了下面几种解决方法:

  1. 使用jupyter notebook
  2. 新建一个用户
  3. 等待Rstudio-serve更新的版本解决这个问题

难受。。。

目前在Jupyter notobook使用R,感觉良好。我可能要暂时告别网页版的RSstudio了。









请到「今天看啥」查看全文