入驻TBtools-II了！CrisprStitch：CRISPR基因编辑效率评估的革命性工具 | Plant Comm.

早前张老师、韩老师与我们提及，计划在将 CrisprStitch 分发到 TBtools-II 平台，这样几乎所有 TBtools 用户都可以快速使用起来。后续我尝试实现了WebApp的支持，而后没有跟进这个事情。今夕想起，快快实现了一下。制备插件过程非常顺畅，前后不到5min。一个完整功能的 CrisprStitch 插件，不到45Mb，就可以在 TBtools Plugin Storen Internal 中下载使用（见文末！）。

为方便大伙详细了解 CrisprStitch 软件，本文应用了 GPT4o 自动学习PDF文档并总结如下。

CRISPR基因编辑技术近年来在生命科学领域掀起了一场变革，而精准、高效地评估其编辑效率一直是研究人员关注的核心问题。然而，目前大多数现有的评估工具在操作便捷性、数据处理能力和可视化呈现方面仍存在诸多局限。为解决这些痛点，我们推出了 CrisprStitch ——一款高效、精准且完全本地化运行的CRISPR编辑评估工具，为全球科研人员提供前所未有的便捷体验。

突破传统：CrisprStitch的创新设计

CrisprStitch的设计理念围绕 快速、精准、安全 三大核心特点展开：

• 极速分析
  ：CrisprStitch可在 28.7秒 内处理 348.4 MB 的高通量测序数据（FASTQ格式），大幅提升CRISPR实验的结果评估效率。
• 高兼容性
  ：支持 Cas9、Cas12a 等不同类型的CRISPR-Cas系统，包括新兴的 Faecalibaculum rodentium Cas9 （识别NNTA PAM）。
• 数据本地化
  ：无需上传数据至云端， 所有分析均在本地计算机浏览器中完成 ，最大程度保障数据安全和隐私。
• 无文件大小限制
  ：支持批量分析超大规模NGS数据，克服了许多在线工具文件大小受限的问题（如Hi-TOM和CRISPResso2）。
• 全平台兼容
  ：CrisprStitch不仅提供网页版（适用于Microsoft Edge、Google Chrome、Mozilla Firefox、Safari等主流浏览器），还提供Windows、macOS和Linux的 桌面版 （软件包大小在378.4 MB至403.3 MB之间）。

全面功能：一站式CRISPR编辑效率评估

CrisprStitch的核心功能涵盖了整个CRISPR基因编辑数据分析流程：

1. 数据预处理

• 自动合并 paired-end FASTQ 序列，采用6bp重叠识别策略，确保序列拼接精确度。
• 按照样本条形码（barcode）分组，精准识别不同样本的数据。

1. 序列比对与变异检测

• 采用 bioseq.js 进行序列比对，支持单碱基替换（SNV）、插入（insertion）和缺失（deletion）等多种变异类型检测。
• 计算目标基因组编辑区域的变异频率，提供详细的编辑效率统计结果。

1. 高效可视化

• 采用Echarts库生成 交互式柱状图、散点图 等可视化图表，直观展示基因编辑效率、突变类型分布及编辑热点区域。
• HTML格式的比对结果展示 前15种高频单倍型（haplotype） ，便于研究人员快速解析关键编辑模式。

1. 结果输出

• Excel格式数据导出
  ，方便后续统计分析和归档管理。
• PDF格式可视化报告
  ，支持一键下载，简化实验数据整理流程。
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案例分析：CrisprStitch在水稻CRISPR-Cas12a编辑数据评估中的应用

为了验证CrisprStitch的高效性，我们对 NCBI BioProject: PRJNA356347 中的 水稻CRISPR-Cas12a 实验数据进行分析。测试数据包含 8个样本（TX-12至TX-20），总文件大小达348.4 MB 。CrisprStitch在 28.7秒内 完成整个数据处理流程，成功生成了详细的突变频率统计及可视化结果。相较于传统工具，CrisprStitch显著提升了计算效率，降低了分析门槛。

此外，我们进一步扩展至 Faecalibaculum rodentium来源的Cas9系统（识别NNTA PAM） ，结果表明CrisprStitch在不同CRISPR-Cas系统的评估上均表现出色。

与现有工具对比：CrisprStitch的卓越优势

目前，已有多个工具用于CRISPR基因编辑效率评估，但大多数存在不同程度的局限性。CrisprStitch在多个方面超越了现有工具：