眼睛颜色受个体的基因变异所决定。大多数与眼睛颜色相关的基因参与了黑色素的产生、运输或储存。眼睛颜色与虹膜表层的黑色素总量和质量直接有关。褐色眼睛的人的虹膜含有更多黑色素,而蓝色眼睛的虹膜中黑色素含量则很少。
15号染色体的特定区域对决定眼睛颜色起主要作用。在该区域,有两个定位非常靠近的基因——OCA2和HERC2。OCA2基因编码的蛋白被称为P蛋白,参与了产生与存储黑色素的细胞结构——黑素体的成熟过程。因此,P蛋白对于虹膜中黑色素的总量与质量起到关键的作用。多个位于OCA2基因的常见变异(多态性)降低了功能性P蛋白的合成量。P蛋白的合成减少也意味着虹膜中黑色素减少,因而携带一个该基因多态性位点的人群表现为蓝色眼睛而非褐色。
毗邻的HERC2基因内含有一个特殊区域——内含子86包含一段能够调控OCA2基因活性(表达)的DNA区域,能够调控OCA2基因开放或关闭。HERC2基因的该区域已知至少存在一个多态性位点被发现能够降低OCA2基因的表达,从而通过导致虹膜中黑色素的减少与较浅的眼睛颜色。
其他多种基因在决定眼睛颜色中具有较小的作用。部分基因同时参与决定皮肤与头发的颜色。这些已报道的参与决定眼睛颜色的基因包括ASIP、IRF4、SLC24A4、SLC24A5、SLC45A2、TPCN2、TYR和TYRP1。这些基因有可能联合OCA2、HERC2共同发挥作用使不同的人具有不同的连续变化的眼睛颜色。
研究者曾认为眼睛颜色由单基因决定且遵循简单的遗传模式——褐色相对蓝色为显性性状。在这种模型之下,如果父母双方都为蓝眼睛,则不可能生出褐色眼睛的孩子。然而,其后的研究发现这个模型过于简单。蓝眼睛夫妇生出褐色眼睛孩子的情况虽然不常见,但的确存在。眼睛颜色的遗传远比研究者最初所推测的更加复杂,因为涉及多基因的参与。孩子眼睛的颜色通常可以从父母和亲戚的眼睛颜色被预测,但有时基因变异会带来意料之外的结果。
已知多种疾病可伴有眼睛颜色改变。眼白化病以虹膜严重的色素沉着减少为特征,导致眼睛颜色非常淡与显著的视力问题。另一种情况是眼皮肤类白化病,这种疾病除眼睛外还影响了皮肤与头发的色素沉着。患病个体多具有非常浅颜色的虹膜、白皙的皮肤、白色或浅色的头发。眼白化病与眼皮肤白化病都由参与生成与储存黑色素的基因突变引起。