《实施细则》共六章78条，框架结构与《药品经营和使用质量监督管理办法》基本一致，主要包括总则、经营许可、经营管理、药品使用质量管理、监督检查和附则。并将《药品检查管理办法（试行）》相关内容在《实施细则》监督检查章节中予以细化。
一是进一步明确了药品经营企业许可管理。
区别新开办企业和现有药品企业的差别，细化了药品批发企业、零售连锁总部和零售企业许可检查、换证检查的标准。首次提出药品批零一体化企业许可检查的标准。明确了胰岛素、医疗用毒性药品等经营范围表述要求。规定了换证检查、变更许可检查开展现场检查的评定条件。调整了药品批发企业兼并重组的检查标准。明确了电子证书平台法律效力。
二是强化了药品经营企业主体责任。
明确提出鼓励电子资料相关要求。细化了药品上市许可持有人、批发企业、零售连锁企业、批零一体化企业、零售企业管理总要求。强调了过渡期内执业药师使用管理。规范了药品、疫苗质量安全报告内容。
三是加强对药品零售环节新业态管理。
明确了自助售药机设置管理要求，规范了药品零售连锁企业设置远程审方平台管理。
四是规范委托药品销售、储存管理。
明确了药品上市许可持有人委托销售、储存报告内容和受理单位。规范了药品经营企业委托储存、终止委托储存药品具体要求。细化了接受委托储存药品企业应达到的条件。
五是明确异地库设置条件和标准。
放开药品批发企业跨行政区域设置药品仓库，并明确仓库设置标准和管理要求。规范跨省设置药品仓库管理要求。
六是细化药品使用质量管理。
明确医疗机构在确保药品质量安全、可追溯的前提下，可以使用电子化资料存档。细化医疗机构场所和设备、储存管理、养护管理等要求。明确了疾控机构委托储配疫苗相关要求。
七是规范药品经营和使用环节监督检查。
明确了年度检查计划制定要求和内容。规范了GSP符合性检查标准和时机。明确了各类检查结果的处置。
八是规范行政处理措施的实施。
对告诫、约谈、责令限期整改、暂停销售使用等行政处理措施的实施进行规范。同时明确恢复销售使用时处置流程。
九是推进药品经营智慧化监管应用。
建立汇集药品经营使用单位基础信息、检查计划、检查报告、行政处理措施及企业相关报告、整改报告等资料的信息化管理。
