“细
胞-细胞间交互”是国自然项目中大家经常涉及的思路，当然现在细胞器之间的通讯也是新的方向（
国自然思路|“细胞间交互”创新性不好？那看看“细胞器间交互”吧！
）
，
虽然
“
细胞
-
细胞间交互
”
这个问题理解起来很容易，实际上在国自然申请和研究执行过程中的问题非常多，而这些问题只是通过看文章是看不出来的。
说明：
之前我们也发过另外一期“
研究细胞死亡的坑
”
的推文：
研究细胞死亡的注意了：如果这个问题考虑不到，基金很大概率被毙！
其实绝大多数方向都有很多坑，
大家粗看起来都是平坦大道，实际走起来问题都非常非常多，一不小心就会掉进坑里，本子被毙……
因此我们本期重点说“细胞
-
细胞间交互”这个主题下大家比较常用的一种思路——
基于“配体
-
受体互作”的细胞间交互
（当然还有很多其它方式）。基于“配体
-
受体互作”的细胞间交互是大家接触最多的一种方式，即“
细胞
1
上的配体
A
通过与细胞
2
上的受体
B
结合，从而调控细胞
2
的信号通路以及下游的表型
”。
比如
巨噬细胞（细胞
1
）分泌
TGF
β（配体
A
）后结合上皮细胞（细胞
2
）上的
TGF
β的受体
TGF
β
R
，从而激活上皮细胞
TGF
β
R
下游通路（比如
SMAD
通路），然后导致上皮细胞转录谱变化、
EMT
等等表型
。
当然反过来说，上皮细胞也可以用类似的方式影响巨噬细胞，从而形成“巨噬细胞
-
上皮细胞”通讯的反馈回路，最终“
共同选择和进化
”。
进行这种方式研究的细节问题非常多，我们大致说四点：
1.
大部分申请人这么设计基于的是
单细胞测序中
CellChat
等细胞通讯
的分析方法，但关键在于“
基于
CellChat
分析得到的配体和受体并不一定是有差异的
”，所以很多人看到分析结果显示
TGF
β
-TGF
β
R
的配体
-
受体对在疾病组与对照组差异很大，
但没有留意到
TGFβ和TGFβR
在
