【3min小视频】手把手教你查找miRNA靶基因

梦熊介绍StarBase查找miRNA靶基因方法

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• 大家好，我是小张聊科研的梦熊

• 今天我们通过视频的形式介绍，如何通过StarBase查找miRNA的靶基因

• 打开Chrome浏览器，输入starbase.sysu.edu.cn

• 点击这里的miRNA-mRNA interactions；

• 今天我们以miR-21为例，则直接输入21，选择hsa-miR-21-5p

• 严格范围按照自己的需要，我们选择最低的，low stringency>=5

• 接着可以选择至少在1种肿瘤中出现，当然这里也可以不选

• 最后gene symbol可以不选，如果需要验证的话，可以选一下

• 点击search；

• 我们可以看到有1215个结果，这里看到StarBase是由targetScan、picTar、RNA22、PITA、miRanda几个工具预测的结果组成

• 我们可以看到RECK在几个预测软件中都被预测到了，说明这个分子是hsa-miR-21-5p靶基因的可信度很高

• 点击cancer number；

• 我们看到miR-21与RECK在多个肿瘤中存在相关性

• 在10类肿瘤中p值小于0.05

• 子宫内膜癌的负相关值为-0.4

• 点击expression profile；

• cancer type选择最后一个子宫内膜癌

• 可以看到这个负相关图，这个图有很多地方可以用哦

• 由于starbase里看不到结合位点，我们看一下另外一个工具 targetscan

• 输入Targetscan；

• 选择物种 human

• 在广泛保守miRNAs家族里选择miR-21

• 提交

• 看到有三百多个保守位点

• 查找一下RECK

• 点击sites in UTR；

• 看到它们在这里有一个结合位点，这个图也是可以使用的

• 下面这个图可以看出在多个生物中其结合位点都是极其保守的

好了，今天就到这里

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