生物信息数据处理与Perl语言编程应用专题培训班通知
Perl语言作为绝大多数生物信息学工作者首选语言之一。北京市计算中心生物计算事业部针对没有任何计算机语言的生物学、医学、农学等人员，且有从事生物信息学工作相关研究工作的需要。欢迎您报名参加！
主办单位：中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会
承办单位：北京市计算中心
协办单位：云计算关键技术与应用北京市重点实验室
中国医药生物技术学会生物医学信息技术分会
北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
中国生物工程杂志
北京唐唐天下生物医学信息科技有限公司
北京微生太科技有限公司
举办地点：北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼，北京市计算中心三层会议室
举办时间：2017年10月9日-11日（报名中）上午9：30-12：00，下午13：30-17：00
培训内容及安排：
日期 | 授课题目 | 授课内容 |
第一天 | 概述 | 1. 生物信息学数据处理概述； 2. Perl语言简介特点与数据处理的优势与应用范围。 |
运行调试 | 1. Perl语言解释器、编辑器安装； 2. Perl运行环境测试与程序编写； 3. UltraEdit软件应用与生物信息学数据文件处理； 4. 基于宏的perl语言快速编程。 |
操作基础 | 1. Perl语言基本变量、操作符、判断结构；循环结构； 2. Perl语言常用函数的功能应用； 3. 生物学数据文件的读入与输出； 4. 生物信息学常见文件的分割、合并、过滤、信息提取等； 5. 批量自动化数据文件操作。 |
第二天 | 生物信息实例应用 | 1. 常用生物信息学数据文件格式简介； 2. 用perl从NCBI、ENA等数据库批量下载基因序列； 3. 用perl进行生物学数据文件格式转化； 4. 用perl编程从Fasta、GBK、Fastq、PDB等提取关键生物学数据信息； 5. 用perl批量自动化下载基因序列； 6. 用perl进行DNA到protein批量翻译； 7. 用perl批量DNA序列反向互补。 |
高级数据处理 | 1. Perl语言的数组、二维数组、hash表用法； 2. 用perl自动化从表格数据提取信息； 3. 矩阵数据文件的生成与应用； 4. 二代测序NGS、GWAS等生物信息分析中perl的应用。 |
第三天 | 模块与子程序 | 1. perl子程序与模块应用； 2. 强大的正则表达式的应用； 3. 用perl进行基因ID列表比较、筛选与统计。 |
Perl的高级应用 | 1. Perl第三方代码库CPAN的简介与应用； 2. Bioperl模块与应用； 3. 常用生物信息学程序实例； 4. 用perl进行批量自动化本地blast比对及数据分析；
5. 基于perl的circos基因组作图工具介绍。 |
（此表仅供参考，授课内容以实际授课为准）
注：参加培训班的学员投稿《中国生物工程杂志》，通过审稿的论文将会优先发表。
【培训特色】
1、对口生物信息；
2、非严格语法，适合初学；
3、功能强大、跨平台；4、有巨大的第三方代码库CPAN。
【报名费用】 培训费3800元/人，含听课费、材料费、上机费和午餐。请自带笔记本电脑用以上机实习。材料：《高通量测序与高性能计算理论和实践》北京科学技术出版社 。
【报名优惠政策】
1、9.10日前报名缴费，可享受减免200元优惠；
2、3人以上团体报名每人可减少400元；
3、4+1团报，可免费赠送一个名额；
4、上面优惠政策不能同时享受，只能享受其中一种。
基于NGS的肿瘤精准医学研究基础培训班通知
在精准医学研究时代，您是否关注：
肿瘤精准医疗存在哪些挑战？
如何鉴定重要的肿瘤驱动基因？
如何进行肿瘤亚分型研究，有哪些经典案例？
如何收集肿瘤临床数据，怎样进行分子特征和临床数据的关联分析？
肿瘤研究有哪些常用的数据库，怎样利用这些数据？
如果您关注这些问题，那么请您关注北京市计算中心联合生命科学及医学领域专业一线的科研人员为您精心准备的“基于NGS的肿瘤精准医学研究基础培训班”。
我们将采用小班授课方式，上机实践比重达到70%。诚邀各领域广大科研工作者和高校教师及研究生报名参加！
主办单位：中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会
承办单位：北京市计算中心
协办单位：云计算关键技术与应用北京市重点实验室
中国医药生物技术学会生物医学信息技术分会
北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
中国生物工程杂志
北京唐唐天下生物医学信息科技有限公司
北京微生太科技有限公司
举办地：北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼 ，北京市计算中心三层会议室
培训时间：2017年10月12日-15日（报名中） 上午9:30-12:00 下午13:30-17:00
日期 | 时间 | 课程名称 | 课程内容 | 备注 |
第一天 | 9：30-12:00 | 肿瘤精准医学概述 | 1、肿瘤基因组特点 2、肿瘤精准医学研究现状及挑战 | 理论 |
13:30-17:00 | 高性能计算平台介绍 | 1、高性能计算机概述 2、Linux操作系统简介 3、Linux命令与操作基础 | 上机 |
第二天 | 9:30-12:00 | 重测序技术在肿瘤研究中的应用 | 1、重测序技术理论介绍 2、重测序数据分析基本流程 | 理论 +上机 |
13:30-17:00 | 1、肿瘤体细胞变异的鉴定及功能注释 2、肿瘤重要驱动基因的鉴定及案例分享 | 理论 +上机 |
第三天 | 9:30-12:00 | 转录组测序技术在肿瘤研究中的应用 | 1、转录组测序理论介绍 2、转录组测序在肿瘤研究中的应用及案例分享 | 理论 |
13:30-17:00 | 1、基因表达量估计及差异表达基因分析 2、基因注释 | 上机 |
第四天 | 9:30-12:00
| 肿瘤研究中的统计分析 | 1、肿瘤样本生存分析方法与实践 2、基因组变异与临床数据关联分析 3、基因表达与临床数据关联分析 | 理论 +上机 |
13:30-17:00 | 利用肿瘤生物信息数据库进行数据挖掘、文章发表案例 | 1、NCBI数据库介绍及应用 2、TCGA数据库介绍及应用 3、cosmic数据库介绍及应用 4、利用公共数据库发表文章案例解析 | 理论 +上机 |
注：参加培训班的学员投稿《中国生物工程杂志》，通过审稿的论文将会优先发表。
收费标准：培训费：5000元/人（材料费、上机费、午餐费，请自带笔记本电脑以备上机实践使用）材料：《高通量测序与高性能计算理论和实践》北京科学技术出版社。
附近最近酒店为：如家酒店（永丰店），可自行网上预定，费用自理。
报名优惠政策：
1、9.10前报名并缴费的学员每人可减少300元
2、3人以上团体报名每人可减少300元；
3、4+1团报，可免费赠送一个名额；
4、上面4种优惠政策不能同时享受，只能享受其中一种。
实用生物信息绘图研习班通知
俗话说“一图解千文”，图表化的表达方式是科学研究的一个不可或缺的手段，它将庞大抽象的文字与数据变为直观的图表，使得研究结果以一种最直观的的方式呈现出来，这能在很大程度上提高科研工作者的科研效率，提升研究成果的影响力。北京市计算中心生物事业部，特此针对生物领域的广大科技工作者，开设了实用生物信息科研论文绘图研习班。
我们将介绍科研论文绘图相关的基础知识、科研杂志对发表论文中图表的要求，统计做图以及相关的绘图工具与技术，对绘制好的图表或照片的修图、微调等方法。为您更好地表达科研结果，助力科研文章的快速发表。
主办单位：中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会
承办单位：北京市计算中心
协办单位：云计算关键技术与应用北京市重点实验室
中国医药生物技术学会生物医学信息技术分会
北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
中国生物工程杂志
北京唐唐天下生物医学信息科技有限公司
北京微生太科技有限公司
举办地点：北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼，北京市计算中心三层会议室
举办时间： 2017年10月16日-18日（报名中）上午9：30-12:00，下午13:30-17:00.
日期 | 授课题目 | 授课内容 |
第一天 | 科技论文绘图基础知识 | 1.科技论文图表要求与论文投稿中的图片格式修改、高分辨率原图处理、矢量图格式要求等 2.绘图基础知识、图文件类型、来源与绘制方法介绍 3.常规绘图与实现方法及软件学习 4.运用生物信息常用的工具进行专业 5.基于Photoshop的绘图基础及格式转换 |
矢量图修图基础与技术应用 | 1、基于Photoshop的高清位图处理、工具使用与修图技术 2.矢量图处理工具Adobe Illustrator学习与功能应用 3.学习使用Adobe Illustrator以及其他画图工具对绘制完毕的图片进行修改 4.PDF文件处理与高清图片处理的快捷方法 5.组图技术以及科研论文修图规范要求 |
第二天 | 生物大分子互作3D图与通路网络图 | 1.利用Pymol软件蛋白质、核酸等大分子3D结构图制作 2.生物大分子相互作用与网络图基础知识 3.利用Cytoscape 绘制生物分子交互作用复杂网络图、生物学通路的方法及技术应用 4.IPA工具使用与通路、网络图 |
R绘图基础 | 1.R语言简介 2.R语言基本功能及基本语法介绍 |
第三天 | 生物统计绘图及R语言实现基础 | 1.掌握R的绘图相关命令 2.学会绘制常见的图表（散点图、条形图、文氏图、饼图、盒形图、频率直方图及热图等的绘制） |
生物信息绘图进阶与专业作图 | 1. 主成分分析作图 2. 基因功能GO富集分析作图 3. Pathway分析与通路作图 |
(课程内容以实际授课为准)
注：参加培训班的学员投稿《中国生物工程杂志》，通过审稿的论文将会优先发表。
【报名费用】 培训费：3800元/人（含听课费、资料费、上机费、午餐，请自带笔记本电脑以备上机实践使用），材料：《高通量测序与高性能计算理论和实践》北京科学技术出版社。主办方可协助安排入住酒店，住宿费用自理。
【报名优惠政策】
1、9.10日报名并缴费优惠200元；
2、3人以上团体报名每人可减少300元；
3、4+1团报，可免费赠送一个名额
微生物组学分析研讨班通知
近年来，微生物组学在医疗、环保、资源开发、科研领域都发挥着举足轻重的作用，成为了上述领域必不可少的研究技术。在此，北京市计算中心生物部为您提供了最前沿、最实用的微生物组学课程《微生物组学分析研讨班》。为您在微生物组学研究中样品制备、实验设计、数据分析、结果展示等方面的困扰提供一键式解决方案。
专业一流的讲课老师团队将与您一起探讨科研奥秘、挖掘科学价值，为您拓宽科研思路、解决实验困扰。欢迎报名参加！
主办单位：中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会
承办单位：北京市计算中心
协办单位：云计算关键技术与应用北京市重点实验室
中国医药生物技术学会生物医学信息技术分会
北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
中国生物工程杂志
北京唐唐天下生物医学信息科技有限公司
北京微生太科技有限公司
举办地点：北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼，北京市计算中心三层会议室
举办时间： 2017年10月18日-20日（报名中）
本次课程时间： 上午：9:30-12:00下午：13:30-17:00
日期 | 授课题目 | 授课内容 |
第一天 上午 | 微生物组学研究的发展和挑战 | 1、微生物组研究的发展历史 2、测序平台介绍 3、基于测序的研究方法 3.1 宏基因组（target sequencing 和全基因组）3.2 单个微生物de novo测序 4、应用案例分析 |
第一天 下午 | target sequencing数据分析 | 1、linux常用命令使用和上机操作 2、数据分析过程中的编程简介（perl、R、python等） 3、target sequencing数据分析加上机 3.1质控 3.2去嵌合体 3.3 OTU聚类 3.4 注释 3.5统计分析：1）α多样性分析；2）β多样性分析；3）群落结构及丰度分析；4）进化分析；5）差异分析(Lefse)；6）功能分析(picrust)。 |
第二天 全天 | Whole metagenome 和metatranscriptome数据分析 | 1、质控 2、拼接组装：SOAPdenovo；MetaVelvet; Meta-IDBA等 3、聚类Binning：TETRA; MetaCluster; Phymm等 4、基因注释：FragGeneScan；MetaGeneMark；MetaGeneAnnotator等 5、功能注释：RAMMCAP；Blast等 6、统计分析：（1）物种分析；（2）功能分析；（3）差异分析；（4）表达分析 |
第三天 全天 | 微生物de novo测序分析 | 1、质控 2、单细胞测序去污染、去嵌合体等 3、拼接组装：SPAdes等 4、基因预测 5、功能注释 6、代谢途径分析 7、进化分析：1）SNP；2）插入缺失3）水平基因 转移； 8、转录组分析：1）基因差异表达分析；2）代谢通路分析 |
(课程内容以实际授课为准)
注：参加培训班的学员投稿《中国生物工程杂志》，通过审稿的论文将会优先发表。
【报名费用】 培训费：3800元/人（含听课费、资料费、上机费，请自带笔记本电脑以备上机实践使用）。材料：《高通量测序与高性能计算理论和实践》北京科学技术出版社。
【报名优惠政策】
1、9.10日前预报名的学员每人可优惠300元；
2、1人同时报2个以上培训班的可优惠200元；
3、3人以上团体报名每人可减少300元；
4、4+1团报，可免费赠送一个名额；
5、上面4种优惠政策不能同时享受，只能享受其中一种。
组学技术在生命科学中的应用专题培训通知
当前，生命科学的发展已经全面进入到一个多组学时代。多种高通量的研究策略如基因组学、转录组测序、宏基因组测序、蛋白质组定量实验等被组合应用到同一个课题研究中。在刚开始接触组学研究时，困扰大家最多的是“我应该选择什么什么组学？”“多组学研究应该如何设计实验呢？”“多个实验平台产出数据如何进行整合分析？”为了帮助科研工作者全面深入地了解各个组学研究的有效手段和方法，中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会倾力策划组织了“组学技术在生命科学中的应用专题培训班”！本次培训将深入探讨基因组、转录组、宏基因组和蛋白质组各个层次的研究策略、实验设计和数据分析，并介绍多组学实验整合研究的案例，这些课程将帮助您开拓视界，丰富科研手段，加速科研进展。我们热诚期待您的参加！
培训对象：全国高校和科研院所从事生命科学、农学、医学等领域的教师、研究人员和在读研究生。
主办单位：中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会
协办单位： 中国生物工程杂志
北京市计算中心
北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
北京微生太科技有限公司
举办地点：北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼，北京市计算中心三层会议室
培训时间：2017年10月23日-24日，上午9：30-12：00，下午13：30-17：00
开课时间 | 课程题目 | 课程内容 | 授课形式 |
第一天 | 上午 | 蛋白质组学数据分析 | 1、蛋白质组学的方法和进展 2、蛋白质组学数据解析流程及统计分析 3、蛋白质组学差异蛋白筛选、生物通路分析 4、多组学数据整合分析 | 理论+上机 |
下午 | 宏基因组学数据分析 | 1、宏基因组学研究现状及应用 2、宏基因组数据分析流程设计 3、常用数据库介绍 4、方案设计与案例分享 | 理论+上机 |
第二天 | 上午 | 基因组学数据分析 | 1、基因组学与生物信息学前沿 2、基因组测序分析介绍 3、基因组重测序/外显子组测序分析介绍 4、基因组测序策略及案例分享 | 理论+上机 |
下午 | 转录组学数据分析 | 1、转录组测序进展及热点介绍 2、转录组测序数据分析（有/无参考序列） 3、转录组高级数据分析（聚类、网络构建等） | 理论+上机 |
培训特色：
--> 一流的讲师团队--基因组学专家及一线分析人员亲自授课
--> 全面的课程--技术应用、原理流程、遗传案例分析全贯穿
--> 理论知识与上机操作相结合，为每位学员提供实际操作机会
--> 增值服务，课下主讲老师将为您实际工作中遇到的问题提供个性化解答
--> 小班教学，每期培训班的人数不超过35人。
报名费用：
培训费：2800元/人，包括学费、材料费、上机费。培训期间可免费提供午餐。请自带笔记本电脑用以上机实习。材料：《高通量测序与高性能计算理论和实践》北京科学技术出版社。
【报名优惠政策】
1、9.20日前报名并缴费优惠200元。
2、3人以上团体报名每人可减少300元；
3、4+1团报，可免费赠送一个名额
4、上面优惠政策不能同时享受，只能享受其中一种。
