陈独秀反孔批儒，首先是针对孔教会的尊孔活动而来的。其《复辟与尊孔》云：“愚之非难孔子之动机，非因孔子之道不适于今世，乃以今之妄人强欲以不适今世之孔道，支配今世之社会国家，将为文明进化之大阻力也，故不能已于一言。”他反对定孔教为国教，认为西方宗教已由隆盛逐渐衰微，教会仪式“尤所蔑视”，中国人本不重宗教，孔子思想“绝无宗教之实质与仪式，是教化之教，非宗教之教”，故康有为奉孔教为国教实乃“强欲平地生波，惑民诬孔，诚吴稚晖先生所谓‘凿孔栽须者矣！’”他严厉批评道：“然通行吾国各宗教，若佛教教律之精严，教理之高深，岂不可贵？又若基督教尊奉一神，宗教意识之明了，信徒制行之清洁，往往远胜于推尊孔教之士大夫”，“然旧教九流，儒居其一耳。阴阳家明历法，法家非人治，名家辨名实，墨家有兼爱节葬非命诸说，制器敢战之风，农家之并耕食力，此皆国粹之优于儒家孔子者也”。因此，非独不能以孔教为国教，“且应毁全国已有之孔庙而罢其祀。”
袁世凯复辟帝制
陈独秀从袁世凯、张勋两次复辟帝制都提倡儒学、鼓吹尊孔的事实中断定“孔教与帝制，有不可离散之因缘”，认识到“我们要诚心巩固共和国国体，非将这班反对共和的伦理文学等等旧思想，完全洗刷得干干净净不可。否则不但共和政治不能进行，就是这块共和招牌，也是挂不住的。”这就是说，以陈独秀为代表的新文化派之最初反孔，是激于孔教运动之刺激，是针对孔教会的尊孔复辟之举而起的。
但陈独秀的反孔批儒，更重要的原因，是坚信孔子之道不合现代生活，要树立起民主与科学为核心的新文化价值观，必然要对处于意识形态主导地位的儒家纲常名教进行猛烈批判。近代文化核心价值观的转变，意味着以民主与科学为核心的西方近代文化对以儒家伦理纲常为核心的中国传统文化的否定。由于历代统治者大力提倡，使儒家思想与君主专制捆绑在一起，故近代以来人们对中国君主专制进行批判时，与其紧密相连的儒学也难免遭到质疑。而人们对儒学的质疑和抨击，主要集中于儒家的纲常名教。尽管维新志士们开始尖锐地批判君权及纲常名教，辛亥时期“非圣排儒”之声未断，孔子及儒学的独尊地位有所动摇，但对儒家纲常名教进行认真清理并根本动摇其地位，则是在新文化运动时。
陈独秀将矛头直指儒家的纲常名教，对封建礼教进行猛烈攻击。他在《宪法与孔教》中进而分析了作为“失灵之偶像、过去之化石”的孔教与根据“欧洲法制之精神”制订的宪法之间的矛盾，指出了将“尊孔”条文载入宪法的荒谬。他说：“‘孔教’本失灵之偶像，过去之化石，应于民主国宪法，不生问题，只以袁皇帝干涉宪法之恶果，天坛草案，遂于第十九条，附以尊孔之文，敷衍民贼，致遗今日无谓之纷争。然既有纷争矣，则必演为吾国极重大之问题。其故何哉？盖孔教问题不独关系宪法，且为吾人实际生活及伦理思想之根本问题也。”他接着分析道：“此等别尊卑明贵贱之阶级制度，乃宗法社会封建时代所同然，正不必以此为儒家之罪，更不必讳为原始孔教所无。愚且以为儒教经汉、宋两代之进化，明定纲常之条目，始成一有完全统系之伦理学说。斯乃孔教之特色，中国独有之文明也。若夫温、良、恭、俭、让、信、义、廉、耻诸德，乃为世界实践道德家所同遵，未可自矜持异，独标一宗者也。”
陈独秀反孔批儒的重心，主要集中于以尊君为中心的礼教和以三纲为中心的封建道德上，着力阐述孔子所提倡的宗法社会之道德不适应现代工商社会生活。他认为，儒学中以“三纲”为核心的伦理道德学说，是中国封建社会道德的理论基础，并对现代中国社会生活产生了严重的消极影响。他指出：“儒者三纲之说，为一切道德政治之大原。君为臣纲，则民于君为附属品，而无独立自主之人格矣；父为子纲，则子于父为附属品，而无独立自主之人格矣；夫为妻纲，则妻于夫为附属品，而无独立自主之人格矣。率天下之男女，为臣，为子，为妻，而不见有一独立自主之人者，三纲之说为之也。缘此而生金科玉律之道德名词，曰忠，曰孝，曰节，皆非推己及人之主人道德，而为以己属人之奴隶道德也。”
陈氏揭示忠、孝、节三种旧道德在中国社会中产生了广泛的消极影响：“中国的礼教（祭祀教孝，男女防闲，是礼教的大精神），纲常、风俗、政治、法律，都是从这三样道德演绎出来的；中国人的虚伪（丧礼最甚）、利己，缺乏公共心、平等观，就是这三样旧道德助长成功的；中国人分裂的生活（男女最甚），偏枯的现象（君对于臣的绝对权，政府官吏对于人民的绝对权，父母对于子女的绝对权，夫对于妻、男对于女的绝对权，主人对于奴婢的绝对权），一方无理压制一方盲目服从的社会，也都是这三样道德教训出来的；中国历史上，社会上种种悲惨不安的状态，也都是这三样道德在那里作怪。”故在他看来，儒学“与近世文明社会绝不相容者，其一贯伦理政治之纲常阶级说也。此不攻破，吾国之政治、法律、社会道德，俱无由出黑暗而入光明。”要建设西方式的新社会，就必须对孔子的“三纲”之说进行彻底批判。
陈独秀将儒学与现代社会生活对立起来，对作为偶像崇拜之孔子及儒家文明持激烈的破坏态度。他在《偶像破坏论》中指出，凡是无用而受人尊重的都是废物，也都算是偶像。对这样的偶像都应该加以破坏：“天地间鬼神的存在，倘不能确实证明，一切宗教，都是一种骗人的偶像：阿弥陀佛是骗人的；耶和华上帝也是骗人的；玉皇大帝也是骗人的；一切宗教家所尊重的崇拜的神佛仙鬼，都是无用的骗人的偶像，都应该破坏！”不仅宗教偶像应该破坏，而且像君主、国家、节孝牌坊等偶像也在破坏之列：“破坏！破坏偶像！破坏虚伪的偶像！吾人信仰，当以真实的合理的为标准；宗教上、政治上、道德上、自古相传的虚荣，欺人不合理的信仰，都算是偶像，都应该破坏！此等虚伪的偶像倘不破坏，宇宙间实在的真理和吾人心坎儿里彻底的信仰永远不能合一。”对固有文化持如此激进的破坏态度，带有文化虚无主义的倾向，但陈氏主旨并非破坏一切传统之物，而是破坏“无用的骗人的偶像”，应该尊重崇拜“真实有用的东西”。西方近代民主、科学、人权、法制、自由等因是“真实有用的”，故应成为中国现代国民尊重之新偶像。
陈独秀反孔批儒的根本目的，在于输入西方近代民主与科学。他公开申明：“记者非谓孔教一无可取，惟以其根本的伦理道德，适与欧化背道而驰，势难并行不悖。吾人倘以新输入之欧化为是，则不得不以旧有之孔教为非。倘以旧有孔教为是，则不得不以新输入之欧化为非。新旧之间，绝无调和两存之余地。吾人只得任取其一。”他在《孔子之道与现代生活》中，从西方民主、自由的政治经济制度及其个人主义价值观与孔子之道尖锐对立的角度，论证了批判儒家思想的必要性。他指出：“现代生活，以经济为之命脉，而个人独立主义，乃为经济学生产之大则，其影响遂及于伦理学。故现代伦理学上之个人人格独立，与经济学上之个人财产独立，互相证明，其说遂至不可摇动；而社会风纪，物质文明，因此大进。中土儒者，以纲常立教。为人子为人妻者，既失个人独立之人格，复无个人独立之财产……人格之个人独立既不完全，财产之个人独立更不相涉。鳏寡孤独有所养之说，适与个人独立之义相违。西洋个人独立主义，乃兼伦理、经济二者而言，尤以经济上个人独立主义为之根本也。”既然孔子之道不能适应于现代生活，那么就没有尊孔之必要，更谈不上定其为国教，而只能全力输入西洋文明。
所以，为了倡导民主与科学，陈独秀对专制迷信及封建礼教进行了有力批判。他尖锐地指出：“吾人倘以为中国之法，孔子之道，足以组织吾之国家，支配吾之社会，使适于今日竞争世界之生存，则不徒共和宪法为可废，凡十余年来之变法维新，流血革命，设国会，改法律（民国以前所行之大清律，无一条非孔子之道）及一切新政治，新教育，无一非多事，且无一非谬误，应悉废罢，仍守旧法，以免滥费吾人之财力。万一不安本分，妄欲建设西洋式之新国家，组织西洋式之新社会，以求适今世之生存，则根本问题，不可不首先输入西洋式社会国家之基础，所谓平等人权之新信仰，对于与此新社会新国家新信仰不可相容之孔教，不可不有彻底之觉悟，猛勇之决心；否则不塞不流，不止不行！”
