关于雅鲁藏布大峡谷的很多现象都是谜题，科学家们一直为此在努力。
悬疑一：
彩虹瀑布的神秘变迁雅鲁藏布大峡谷内是否有瀑布曾经是一个引起很长时间争论的话题。
上个世纪20年代初，英国探险者沃德曾经短暂进入过大峡谷，据他描述，他发现了大峡谷内有一条十分壮观的瀑布。因为发现瀑布的时候周围有一道彩虹，所以他将此瀑布定名为“彩虹瀑布”。10年后，美国人贝利再次证实了这条瀑布的存在。然而，自此之后将近70年的时间里人们再也没有找到过它。
1998年，中国科考探险队在峡谷内找到了一面干枯的绝壁，这很可能就是传说中的“彩虹瀑布”。1950年墨脱曾经发生过一次里氏8.5级的大地震，“彩虹瀑布”也许就是在这次地震中消失的。是剧烈的地壳运动“抹平”了瀑布的落差?还是山体滑坡阻塞了上游的来水?或者干脆就是前人的记述有误，“彩虹瀑布”依然存在，依然隐藏在大峡谷内不为人知的角落里呢?这一切都有待进一步的证实。
悬疑二：
红豆杉之外的惊喜1998年科考探险活动的另一项重大发现就是在大峡谷内发现了大面积濒危珍稀植物红豆杉。野生天然红豆杉林在世界上分布不多，以前在中国也只有在云南、四川等少数区域内有所发现。而像大峡谷地区这样大面积保存完好的天然红豆杉林已不多见。
科考还发现了有“活化石”之称的缺翅目昆虫。这种古老的昆虫原本生活在非洲等地，后随地球板块漂移来到了雅鲁藏布大峡谷。上亿年的沧海桑田使世界上其他地方的缺翅目昆虫相继灭绝，只有在大峡谷这种保持极其完好的生态环境下才得以延续。发现缺翅目昆虫对研究生物地理格局的分布和变迁具有重要的意义。
