宏基因组与代谢组/脂质组学R软件数据可视化研讨会

转化与基础研究 · 公众号 · · 2023-05-27 12:43

正文

2023年6月23-24日腾讯会议网络会议室

【背景介绍】

微生物是自然界中分布最广、种类最多、数量最大的生物类群。以肠道微生物为例，人体内微生物的总数量约是人体细胞总数的10倍 —— 越来越多的研究发现，肠道微生物与人体健康有着密切的关系，而微生物产生的代谢物是调控过程中最主要的中间递质之一。

宏基因组研究包括16s测序和宏基因组测序，可以获得微生物群落丰度以及组成。通过分析可以获得关键菌群以及功能，为疾病治疗提供研究基础。

代谢组学和脂质组学是基于LC-MS液质联用技术对生物样本中的小分子代谢物/脂质分子进行定性和相对定量分析。严格来讲，脂质组也是代谢组的一种。

宏基因组-代谢组/脂质组的联合分析能够从多个维度阐释一个科学问题，可以用来解释差异菌群与差异代谢物的关联性，从而帮助建立微生物-代谢物-表型之间的逻辑关系。

基于以上原因，医药加推出“宏基因组+代谢组/脂质组联合分析”R软件实操课程，带您充分挖掘数据，掌握生信高级分析能力。

【主要内容】详细内容见下文日程表

1.宏基因组生信文章解读与报告解读；

2.R和Rstudio软件安装，宏基因组与代谢组/脂质组学联合分析实操；

3.生信SCI文章实用数据处理与图片导出。

【会议预期】

本课程通过两天的时间学习，让我们对宏基因组肠道菌群分析，代谢组脂质组小分子分析，以及组学整合数据处理分析，有一个全面的了解。并使用R语言进行分析及可视化作图，得到SCI水平的图片。

【讲师简介】

宋伟博士

成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。

研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。

培训经历：在上海、北京、广州、沈阳、南京等城市举办过几十场现场培训班。

主办方：上海遐锦生物科技有限公司

会议时间：2023年6月23-24日

会议地点：线上：腾讯会议网络会议室

收费标准：会务费：线上：2800元/人；

优惠政策：

1.提前确认报名及转账的，可以提前拿到学习材料

2.三人组团报名，每人优惠100元

3.四人组团报名，每人优惠200元，

4.六人组团报名缴费，可免1人会务费！

可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。

注意事项：必须携带win10以上系统的电脑，现场不得录音录像。上课软件为R和Rstudio。会后主办方会统一提供录屏作为复习资料。

交费方式：

A：银行转账

账户名称：上海遐锦生物科技有限公司

账户号：31050179400000001610

开户行：中国建设银行上海马陆支行

B：支付宝转账

收款人：[email protected]户名:金永红

C：公务卡支付

报名方式：

报名请识别二维码添加小编微信

张老师：18121381293

【会议日程】

宏基因组与代谢组学R语言分析及可视化会议日程
时间安排		课程表	介绍
第一天上午	9:00- 10:15	生信分析思路	生信简介；宏基因组，代谢组，脂质组简介；宏基因组生信文献解读；宏基因组与其他组学整合文献解读；国自然宏基因组代谢组撰写思路；
第一天上午	10:30-12:00	R语言基础	R软件与Rstudio软件安装； R基础——类与对象（元素、向量、矩阵）； R基础——函数； R基础——路径修改、 R基础——文件导入；文件保存（图表等）； R基础——R包及安装（后续实操）
第一天下午	13:30- 15:15	标准报告解读	16s测序分析报告解读；宏基因组测序分析报告解读；代谢组分析报告解读；脂质组分析及报告解读
第一天下午	15:30-17:30	宏基因组生信分析R实操（一）	α多样性分析； β多样性分析；物种组成柱状图；物种热图分析（纲目科属） LeFse分析树形图分析。

第二天上午	9:00-10:15	宏基因组生信分析R实操（二）	菌群无监督PCA分析；菌群有监督OPLS/DA分析差异菌群分析（logFC , Pvalue）；差异菌火山图与差异菌基因热图；
第二天上午	10:30-12:00	代谢组脂质组生信分析R实操	液相色谱LCMS的阳离子（POS）阴离子（NEG）模式分析；代谢物的有监督和无监督聚类；差异代谢物分析（logFC , Pvalue, VIP）差异代谢物火山图与差异菌基因热图；
第二天下午	13:30-15:15	宏基因组与代谢组数据多组学整合生信分析（R实操）	功能通路富集分析气泡图 16s与代谢组整合共表达分析。桑基图分析；
	15:30-17:00	宏基因组与代谢组数据多组学整合生信分析（在线工具实操）	metaboAnalyst数据库通路富集； Venn图在线工具； Pathway map图制作疾病与菌属关联Disbiome database gutMDisorder \| 疾病和干预中肠道微生物群失调的综合数据库 GMrepo数据库
	17:15-17:30	答疑