首先，国企工资总额由国资委和国企共同决定，但是企业通常都处于弱势地位，工资总额主要参考经济效益等因素确定，企业的收入、利润的权重并不够高，不同行业的特殊性也没有考虑到，该低不低该高不高。
每年国企最苦恼的事情之一就是如何与国资委“博弈”，对总额制定掌握更多话语权，以期工资总额更符合企业实际情况和市场竞争需求。
尤其是效益好的企业，受限于工资总额，绩效考核制度无法充分地实施，一定程度上仍然只能实行“大锅饭”的薪酬体制，难以有效形成激励的同时，更带来了工资竞争力不足，难以吸引人才的问题。
第二，虽有“上缴税利下降时，工资总额要相应下浮。为了保证职工的基本生活，下浮工资总额的比例可以作适当限制”等下浮的规定，但在实际执行时，常常变味成“工资总额不下浮”，出现国企工资只增不降的情况。
工资总额只增不降带来的不只是“铁饭碗”问题，对于效益不好、难以提高的企业来说，工资总额已经成为其沉重的负担，加剧亏损，甚至影响企业的正常发展。
第三，由于现有工资分配制度颁布早、未根据市场发展进行调节，存在弹性较差、浮动部分占比低、中基层员工工资差异小、高管与职工薪酬差异大、编制员工与非编制员工同工不同酬等诸多情况。
在内部分配上市场化机制不足，难以有效激励员工，公平性也遭到诟病，进一步影响到了国有企业薪酬的竞争力。
