gtf格式的基因组注释文件转bed12格式.

生信杂谈 · 公众号 · · 2017-07-01 23:30

正文

前面介绍了gtf转bed6格式的脚本(点我查看).但bed6格式的注释文件包含信息有限,没有包含基因结构信息.下面介绍个来自RSeQC的能够将gtf格式的注释文件转为能保留转录本信息的bed12格式的文件.

关于bed12格式的详细说明链接: https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1

这个将gtf转为bed12的脚本名为gtf2bed,源码都在github上,链接如下: https://github.com/ExpressionAnalysis/ea-utils/tree/master/clipper

或者也可以通过网盘直接下载: https://pan.baidu.com/s/1pLt1VPh .

使用方法很简单,就两个参数,一个是待转换的gtf文件,一个是输出文件名,拿hg19的lncRNA的注释文件gencode.v19.long_noncoding_RNAs.gtf举例:

./gtf2bed gencode.v19.long_noncoding_RNAs.gtf >gencode.v19.long_noncoding_RNAs.bed

转玩后将gtf和bed格式的文件放到IGV里就可以查看lncRNA的转录本信息:

上图中上面的红框是基因(gtf文件),下面的红框是每个基因所对应的转录本(bed12文件).

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