专栏名称: 生信杂谈

生物信息学;生物信息;计算机辅助药物设计;测序分析;Python;R;机器学习;论文写作;网站制作;LOL;dota2。

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gtf格式的基因组注释文件转bed12格式.

生信杂谈 · 公众号 · · 2017-07-01 23:30

正文

前面介绍了 gtf 转 bed6 格式的脚本( 点我查看 ).但 bed6 格式的注释文件包含信息有限,没有包含基因结构信息.下面介绍个来自 RSeQC 的能够将 gtf 格式的注释文件转为能保留转录本信息的 bed12 格式的文件.

关于 bed12 格式的详细说明链接: https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1

这个将 gtf 转为 bed12 的脚本名为 gtf2bed ,源码都在 github 上,链接如下: https://github.com/ExpressionAnalysis/ea-utils/tree/master/clipper

或者也可以通过网盘直接下载: https://pan.baidu.com/s/1pLt1VPh .

使用方法很简单,就两个参数,一个是待转换的gtf文件,一个是输出文件名,拿 hg19 的 lncRNA 的注释文件 gencode.v19.long_noncoding_RNAs.gtf 举例:

./gtf2bed gencode.v19.long_noncoding_RNAs.gtf >gencode.v19.long_noncoding_RNAs.bed

转玩后将 gtf 和 bed 格式的文件放到 IGV 里就可以查看 lncRNA 的转录本信息:

请到「今天看啥」查看全文

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gtf格式的基因组注释文件转bed12格式.

正文

前面介绍了 gtf 转 bed6 格式的脚本( 点我查看 ).但 bed6 格式的注释文件包含信息有限,没有包含基因结构信息.下面介绍个来自 RSeQC 的能够将 gtf 格式的注释文件转为能保留转录本信息的 bed12 格式的文件.

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前面介绍了 `gtf` 转 `bed6` 格式的脚本( 点我查看 ).但 `bed6` 格式的注释文件包含信息有限,没有包含基因结构信息.下面介绍个来自 `RSeQC` 的能够将 `gtf` 格式的注释文件转为能保留转录本信息的 `bed12` 格式的文件.