一、办公室
负责中心综合协调、绩效考评及督查督办等工作；负责文电、会务、机要、档案等日常工作；承担宣传、信息、安全、保密、信访、政务公开等工作；起草综合性文稿及港口、航道、水路运输的地方性法规、规章；承担中心政务窗口管理工作；牵头负责港航行政执法和执法人员资质管理工作；归口负责中心固定资产管理工作；承担中心后勤保障、综合治理、房改、户籍管理工作；承担本中心工会日常工作和计生等工作。
二、规划计划处（港口对外合作处)
组织编制北部湾港口总体规划及北部湾港港区、作业区控制性详细规划；拟订全区水路运输发展规划、全区内河航道、内河港口布局、水路运输规划及其他相关专项规划；拟订并组织实施北部湾港口对外合作与交流的政策措施；拟订并监督实施全区水运建设年度计划；承担港口设施使用岸线审核工作；按授权负责组织全区港口非深水岸线使用专家审查工作；承担本中心作为业主的公益性水运基础设施建设项目的前期工作（工可报告批复前），统筹推进和协调北部湾港和内河重大建设项目前期工作；承担水路运输行业统计工作；承办水路运输战备工作。
三、财务审计处
承担中心及直属事业单位预决算编报及执行管理、国有资产监督管理及内部审计等工作，牵头中心政府采购相关工作；负责固定资产的宏观管理及会计核算工作；承担上级布置的固定资产全面清查盘点工作；负责固定资产购置、报废、处置及对外租赁合同的审核；承担涉及港口、航道、水路运输、船舶检验等政府非税收入征缴、公益性基本建设项目筹融资、专项资金管理等工作。
四、港口航运管理处（安全和应急管理办公室)
承担北部湾港口经营市场行政许可和行政执法工作；组织协调北部湾港口集疏运和通关便利化工作；负责北部湾港引航业务的监督和协调；承担北部湾港安全生产和应急管理工作；负责北部湾港港口设施保安年度核验工作和危险货物港口作业审批工作；承担全区水路运输市场监督管理工作；负责水路运输以及船舶管理业的行政许可和发证工作；承担水路运输有关执法管理工作；承担全区水路运输安全生产及应急处置体系建设；组织实施抢险、救灾及突发事件等指令性运输计划；承担乡镇标准化客渡船更新改造和便民码头建设计划实施管理工作；承担军运涉及水路运输相关组织协调工作；归口负责三个港口管理分局的固定资产管理工作。
五、航道管理处
承担北部湾港公共航道、锚地、防波堤等公共设施的建设、维护和管理工作；负责本中心作为业主的公益性水运基础设施建设项目初步设计及以后的管理工作；负责北部湾港口工程施工图设计和市级立项的北部湾港口工程初步设计的审批及组织竣工验收工作；承担自治区授权管辖的内河通航河流航道及航道设施的建设维护管理和航道行政执法工作；承担全区水运建设项目监管和相关信用行为评价审核工作；承担枢纽船闸建设、运行和维护的监督管理工作；承担与通航有关建筑物的通航技术问题的审核或审批工作；组织拟订我区航道航标行业技术标准；承担自治区授权管辖的内河通航河流航道的安全生产和应急管理工作；归口负责直属航道养护中心的固定资产管理工作。
六、船舶检验管理处（渔船检验管理处）
承担全区船舶法定检验、船用产品检验的监督管理工作；承担全区船舶和船用产品图纸审查的监督管理工作；承担全区直属船舶检验中心和验船人员资质管理工作；承担渔船检验相关职责；拟订地方性船舶检验有关政策和检验技术规定；归口负责直属船舶检验中心的固定资产管理工作。
七、科技信息处
组织编制港航信息化发展规划；组织实施北部湾及内河航道、船检、港口、航运等业务信息系统建设和管理；承担本中心门户网站和综合服务信息系统的建设、维护；组织开展重要科技攻关项目研究以及科技成果转化与推广应用工作；承担水路行业节能减排、环境保护工作。
八、人事处
按规定管理直属单位领导干部；负责本中心及直属事业单位的机构编制、法人登记、增人计划、人事管理、公开招聘、岗位设置、劳动工资和社会保险管理等工作；承担本中心及直属事业单位职称评审和专业技术人员管理工作；负责本中心因公出国（境）培训团组立项实施、干部教育培训管理工作；负责本中心离退休人员的日常管理服务工作；承担本中心扶贫工作。
九、党委办公室（监察室)
负责本中心党建、团建和思想政治工作；负责本中心和直属单位党风廉政、纪检监察工作；指导直属单位领导班子思想政治建设和党建、团建工作；受理单位党员和行政监察对象的检举、控告和申诉，调查处理单位党员和行政监察对象违反党纪党规、国家法律法规的行为；牵头负责行政权力清单制度工作的事中事后监管；负责水路运输行业精神文明建设和双拥优抚、评优评先工作；指导水路运输行业“治理三乱”、行风建设等工作。
