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国民政府为了抵御日军的进攻，需要灵活确切的军事情报；为了贯彻长期抗战的国策，需要不断打击和牵制沦陷区的敌伪；为了巩固自身的统治，需要对异己势力进行监视和镇压；为了维护后方秩序和经济稳定，需要查缉走私、检举奸商、监督水陆交通乃至展开对日经济作战。这些，都成为军统局的主要任务。
中国最庞大的特务组织
军统正式成立后，局本部（军统术语称内勤）与各地组织（外勤）急剧扩张。1938年，军统正式在编人员有6721人，至1945年已发展至24725人，而这一数字，尚未包括军统掌握、运用的诸多公开、半公开单位。经过抗战时期的发展，军统把自己的触角深入到国统区、沦陷区乃至海外地区，布建了广泛的特务网，成为战时中国最庞大的特务组织。
1944年，戴笠（右）在中美合作所特种技术训练班第四期培训暨第五期开学典礼上发表讲话
军统内勤组织由特务处时期的科、股二级体制升级为处、科、股三级体制，各处的名目、执掌虽多有更张，但其核心的四处一室变化不大：第一处为军事情报处，以鲍志鸿任处长；第二处为党政情报处，先后以严灵峰、王新衡等任处长；第三处为行动处，先后以刘培初、徐业道、郑修元等任处长；第四处为电讯处，以魏大铭任处长。在四处与局长之间有秘书室，设主任秘书一人为幕僚长，先后由郑介民、毛人凤担任，负责批阅各处文件。以上四处一室，基本支撑起了军统最主要的特务工作。
军统外勤组织仍然维持特务处时期的区、站、组等层次，但其数量大幅增长。除在国统区与沦陷区有所布置外，军统还积极拓展海外组织，在越南、缅甸、泰国、新加坡、菲律宾乃至美国、印度、埃及、英国、法国、苏联、土耳其、秘鲁、智利等地建站建组。至1944年，军统外勤组织达到全盛状态，共有情报及行动单位709个。
军统特训班（黔阳班）毕业证书
此外，为了便利开展特务工作，军统掌握、运用了大量公开、半公开单位，包括各地警察局、各战区长官部调查室、集团军司令部调查室、运输统制局监察处、财政部缉私署、财政部货运管理局、忠义救国军、别动军、中美合作所等等。
八年抗战期间，军统共计搜集军事、政治、社会、经济、国际等各类情报1,021,863件，可谓数量极多。只不过情报的作用往往隐而不彰，也较少产生立竿见影的效果，故而后人很难量化这些情报的实际价值。
潜伏沦陷区、佯任伪职及其他渗透活动
除电讯侦译外，情报人员以各种职业为掩护潜伏沦陷区，或假意投敌佯任伪职，也是军统搜集情报的重要手段。
潜伏沦陷区方面，以军统设在汉口机场附近的防空情报分台为例，当1938年10月武汉沦陷后，分台情报人员杨敬先以杂货店为掩护，侦查敌军飞机起落情况。每当上午6时以后，敌军机场开始忙碌起来，杂货店生意冷清，杨敬先即爬上高不及两尺的小阁楼，监视敌机行动，然后把密藏在天花板内的小型收发报机取出，平卧在货堆中，将敌机升降情形，以简电报告重庆。每组简电仅有9位数字，可以代表一份完整的防空情报，如324640635，首位数字代表机种，第二至第三位数字代表数量，第四位数字代表飞行高度，第五位数字代表飞行方向，第六至第九位数字代表升空时间，这份简电大意即为：上午6时35分，敌轰炸机24架，六级高，向第四位方向飞去。如通报顺利，用时不超过1分钟，故汉口敌机每次起飞轰炸重庆，重庆方面均能及时获悉，并有较为充裕的时间施放警报，疏散民众，使空袭损失降到最低。
佯任伪职方面，以南京情报组为例，组长程克祥佯任南京日本大使馆翻译。副组长彭盛木为台湾人，先后佯任周佛海秘书、汪精卫翻译、伪调整国事会秘书、敌南满铁道株式会社嘱托及伪中央储蓄银行总裁秘书等职。举凡周佛海参加的敌伪会议，乃至汪精卫与日寇要员之私人会谈，皆由彭盛木将全部会议记录密报重庆军统局本部，深获戴笠嘉许，其情报考绩曾在军统名列第一。
除了派员潜入日伪，军统对中共的渗透活动也始终在进行。早在国共停止内战之初，戴笠便向蒋介石进言：“共党目前虽可接受领导，共同抗日，但不放弃组织活动，本党之组织斗争技术多有不如，复图利用之，恐将影响国家统一局面。”另据台湾“国史馆”新近披露的《军情局档》显示，1937年，戴笠曾向蒋介石报告：“共党近在肤施设立抗日军政大学，本处在上海有共党路线工作人员四人已蒙认可，介绍前往受训。”戴笠电报中提到的四人，包括后来被称为台湾“调查局之父”的沈之岳。沈之岳在延安潜伏了一段时间，又调到新四军中工作，后来直至1939年身份暴露，才被迫撤离。自此以后，因中共防范严密，军统再也没能成功派人潜入延安。至1942年军统内部会议，高层干部不得不“切实检讨，对共党毫无内线，所得报告，皆空泛无所据”。
“军统七姐妹”难称信史
军统因从事对日情报工作而殉职者不少，但令人感慨的是，由于军统以“无名英雄”相标榜，故其殉职人员的史实长期以来鲜为人知，道听途说竞相纷起，颇使读史者难辨真伪。以流传颇广的“军统七姐妹”为例：七名军统女译电员随中国远征军新38师撤往印度，途中突遭日军袭击，因突围无望，乃集体跳崖壮烈殉难，此后军统召开大会，对七姐妹隆重追悼，并由女少将姜毅英致祭词云云。此事娓娓动听，且被若干学术著作多次引用，实则疑点重重，不足采信。因军统极为重视精神训练，编有《先烈事迹汇编》，备述殉职人员死难经过，以期后死者“发扬光荣历史，效法先烈精神”。《事迹汇编》搜罗全备，即便是遭遇自然灾害或交通意外而死的基层特务人员也都详细记录，只有抵罪伏法者或无据可查者才付之阙如。
既然七姐妹有“军统开会追悼，姜毅英致祭词”，显见并非上述两种特例，如此精神训练的大好材料，《事迹汇编》中竟无片言只字提及，岂非有悖常理？不仅如此，所谓七姐妹事，在军统文献以及远征军史籍中亦全无踪影，足见其事荒谬，难称信史。
