箱线图 - 一步绘制
绘图时通常会碰到两个头疼的问题：
-
有时需要绘制很多的图，唯一的不同就是输入文件，其它都不需要修改。如果用R脚本，需要反复替换文件名，繁琐又容易出错。 (R也有命令行参数，不熟，有经验的可以尝试下)
-
每次绘图都需要不断的调整参数，时间久了不用，就忘记参数怎么设置了；或者调整次数过多，有了很多版本，最后不知道用哪个了。
为了简化绘图、维持脚本的一致，我用
bash
对绘图命令做了一个封装，通过配置修改命令行参数，生成相应的绘图脚本，然后再绘制。
首先把测试数据存储到文件中方便调用。数据矩阵存储在
boxplot.normal.data
、
sampleGroup
和
boxplot.melt.data
文件中 (TAB键分割，内容在文档最后。如果你手上有自己的数据，也可以拿来用)。
使用正常矩阵默认参数绘制箱线图
# -f: 指定输入的矩阵文件，第一列为行名字，第一行为header
列数不限，列名字不限；行数不限，行名字默认为文本
sp_boxplot.sh -f boxplot.normal.data
箱线图出来了，但有点小乱。
# -f: 指定输入的矩阵文件，第一列为行名字，第一行为header
列数不限，列名字不限；行数不限，行名字默认为文本
# -P: none, 去掉legend (uppercase P)
# -b: X-axis旋转45度
# -V: TRUE 绘制小提琴图
sp_boxplot.sh -f boxplot.normal.data -P none -b 45 -V TRUE
绘制单个基因的小提琴图加抖动图
# -q: 指定某一行的名字，此处为基因名，绘制基因A的表达图谱
# -Q: 指定样本分组，绘制基因A在不同样品组的表达趋势
# -F Group: sampleGroup中第二列的名字，指代分组信息，根据需要修改
# -J TRUE: 绘制抖动图 jitter plot
# -L: 设置X轴样品组顺序
# -c TRUE -C "'red', 'pink', 'blue'": 指定每个箱线图的颜色
sp_boxplot.sh -f boxplot.normal.data -q A -Q sampleGroup -F Group -V TRUE -J TRUE -L "'zygote','2cell','4cell'" -c TRUE -C "'red', 'pink', 'blue'" -P none
使用melted矩阵默认参数绘箱线图
# -f: 指定输入文件
# -m TRUE: 指定输入的矩阵为melted format
# -d Expr：指定表达值所在的列
# -F Rep: 指定子类所在列，也就是legend
# -a Group：指定X轴分组信息
# -j TRUE: jitter plot
sp_boxplot.sh -f boxplot.melt.data -m TRUE -d Expr -F Rep -a Group -j TRUE
# 如果没有子类，则-a和-F指定为同一值
# -R TRUE: 旋转boxplot
sp_boxplot.sh -f boxplot.melt.data -m TRUE -d Expr -a Group -F Group -J TRUE -R TRUE
参数中最需要注意的是
引号
的使用：
为了推广，也为了激起大家的热情，如果想要
sp_boxplot.sh
脚本的，还需要劳烦大家动动手，转发此文章到朋友圈，并留言索取。
也希望大家能一起开发，完善功能。
R绘图学习
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测试数据
Name 2cell_1 2cell_2 2cell_3 2cell_4 2cell_5 2cell_6 4cell_1 4cell_2 4cell_3 4cell_4 4cell_5 4cell_6 zygote_1 zygote_2 zygote_3 zygote_4 zygote_5 zygote_6
A 4 6 7 5 8 6 3.2 5.2 5.6 3.6 7.6 4.8 2 4 3
