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这同济大学发的50.3分的Cell子刊,讲的是肿瘤微环境中cGAS的甲基化,他们机制做得还不错……

实验万事屋  · 公众号  · 科研  · 2024-09-16 08:20

正文

这次夏老师讲的是同济大学发表在50.3分的Cell子刊——Cancer cell上的文章:



这篇文章就有点意思了,虽然讲的还是cGAS-STING信号通路(不清楚cGAS-STING信号通路的话,可以回去看看《信号通路是什么鬼?》系列里的这个信号通路复习下)。但这篇文章讲的cGAS-STING信号通路,是通过蛋氨酸剥夺发现的。蛋氨酸剥夺大家还得及么?之前讲过好几篇蛋氨酸剥夺的文章,都和甲基化有关:



这篇文章的研究中,他们发现蛋氨酸会导致cGAS蛋白甲基化,甲基化后的cGAS会被拴在染色质上。熟悉cGAS-STING信号通路的话,应该清楚cGAS是游离在胞质中,响应dsDNA,然后催化形成cGAMP,以激活STING的(不熟悉就回去看看《信号通路是什么鬼?》系列,都给你们详细介绍过)。当cGAS被拴在染色质上后,它的功能活性就丧失了。而cGAS-STING信号通路激活的下游,就是通过IRF3激活IFN转录。IFN则会通过JAK-STAT信号通路,改变微环境中的免疫细胞招募:



这么一看,这篇文章就有点意思了。首先他们做了蛋氨酸剥夺的处理,发现蛋氨酸剥夺后,细胞的cGAS-STING信号通路产生了明显的活化。而补充蛋氨酸(而不是任何其他氨基酸),会以剂量依赖性方式抑制cGAS-STING活化(这就是柯霍氏法则以及米勒五法的共变法的验证,不清楚的话,可以去看看《轻松的文献导读》和《列文虎克读文献》看看):



那蛋氨酸到底是通过什么副产物,导致的cGAS-STING信号通路产生了激活呢?蛋氨酸代谢差不多就是这样的,首先通过MAT2A(蛋氨酸腺苷转移酶IIα)产生SAM(S-腺苷-蛋氨酸),然后进一步转化为SAH(S-腺苷-同型半胱氨酸):



结果他们发现,在蛋氨酸剥夺后,只有SAM能恢复对cGAS-STING信号通路的抑制,SAH则不行(下图红框)。也就是说,SAM是蛋氨酸代谢过程中,影响cGAS-STING信号通路的关键代谢产物。SAM主要作用是参与了甲基化,作为甲基化的供体。于是他们分析了cGAS氨基酸链上,可以被甲基化的赖氨酸位点(下图绿框),通过筛选发现cGAS可以在hK362(人)和mK350(小鼠)处被单甲基化,它们由细胞SAM水平控制。他们用精氨酸(R)代替hK362/mK350来阻断甲基化,或用蛋氨酸(M)代替来模拟单甲基化,但突变后cGAS的活性都被抑制了(说实话,这点我没看太懂,阻断甲基化和模拟甲基化,都会抑制cGAS活性,这还能说明甲基化的问题么?)。他们认为这两个氨基酸位点和甲基化,对于cGAS的活性来说非常关键:



那下一步就是筛选赖氨酸甲基化转移酶了,他们使用的是CRISPR的筛库(不清楚这种方法的话,可以回去看看《列文虎克读文献》,都给你们介绍过哦)。他们发现SUV39H1敲除减少了cGAS甲基化,而SUV39H1可以有效催化cGAS的mK350和hK362甲基化。那么SUV39H1是否会影响cGAS活性呢?他们发现敲除SUV39H1后,可以促进了外源性DNA诱导的cGAMP合成,也就是cGAS的酶活增强。荧光定位则显示(下图红框),K362R(模拟去甲基化)的cGAS和野生型的cGAS主要定位于细胞质中,而K362M(模拟甲基化)的cGAS主要定位于细胞核中:



于是他们进一步分析cGAS的核定位和胞质定位情况,结果发现蛋氨酸剥夺促进了野生型cGAS从细胞核到细胞质的重新定位,蛋氨酸剥夺后野生型的cGAS很难恢复进入细胞核,但不影响K362M和K362R cGAS的分布。也就是说,很可能蛋氨酸引发的甲基化,会导致cGAS被拴系在细胞核内,无法激活。于是他们检测了甲基化的cGAS与核小体的结合能力,结果发现甲基化的cGAS与核小体的结合亲和力,比非甲基化cGAS高了大约25倍:



于是他们假设cGAS甲基化后拴系在染色质上,可能需要通过一些与甲基化cGAS特异性相互作用的蛋白质来增强。于是他们使用了BioID2(邻近依赖性生物素鉴定)来分析了与甲基化cGAS结合的蛋白,并筛选到了UHRF1。通过对UHRF1的敲除,确定了其可以促进cGAS染色质拴系并抑制其活性。


接下去,他们就偏向于应用进行验证了。首先是确定SUV39H1-cGAS轴对于肿瘤的影响,他们做了体内实验,分析了靶向抑制SUV39H1后,促进cGAS-STING信号通路的激活,有助于抗肿瘤免疫。毕竟cGAS-STING信号通路最终通过TBK1激活的两个转录因子,一个是NFκB,一个是IRF3。NFκB就不用多说了,这个和炎症和免疫有密切关系(不清楚NFκB信号通路的话,回去看看《信号通路是什么鬼?》系列好好复习下),IRF3则是激活IFN转录的。他们分析的其实也是免疫细胞,在SUV39H1敲减后对肿瘤的浸润作用:



虽然SUV39H1敲除后,的确抑制了肿瘤增长,并且增强了CD4+T细胞以及CD8+T细胞的招募。但是cGAS的K362R(模拟去甲基化)或K362M(模拟甲基化)小鼠的肿瘤生长速度比野生型小鼠快,并伴有肿瘤中免疫细胞浸润的减少。这个结果和之前的结果其实是相似的,但我还是没有想到特别好的解释,你们可以在评论区和夏老师讨论:



而临床病理样本上也表明,cGAS甲基化与结直肠癌呈正相关,这也从侧面说明了cGAS甲基化肿瘤之间的关系:



结果形成了这样的示意图:



实际上这篇文章在机制研究上,是值得肯定的,特别是蛋氨酸剥夺后,筛选到SAM会对cGAS产生直接影响,并且通过甲基化的赖氨酸突变,发现cGAS被拴系在染色质上这个机制,都是这篇文章的亮点,做得很有意思。但其中也有些值得我们思考的部分,为什么K362R(模拟去甲基化)或K362M(模拟甲基化)都会抑制cGAS活性呢?大家可以在评论区和夏老师讨论哈,好了,今天就先策到这里,有兴趣的话,建议看看原文,祝你们心明眼亮。


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