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大多数人都不知道,人类基因组正在衰败

把科学带回家  · 公众号  ·  · 2019-12-02 06:00

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本文由《万物》杂志官方微信
把科学带回家 ” 提供


过去的致命疾病在现代社会不再致死,人类因此摆脱了自然选择,但也为此付出了代价。早在70年前,科学家就注意到人类基因组正在不断累积基因突变,而其中大部分突变是有害的。以人类的低生育率要如何破解这个难题?许多科学家们为人类的未来感到十分忧虑。


参考资料 Nature 等

编译 七君


你可能也注意到了,现在患有近视眼 、过敏 、糖尿病、肥胖症等疾病的人似乎正在变得越来越多。


这些病,很可能是逃离了自然选择后,人类患上的现代病。而许多人不知道的是,这些疾病是人类基因组正在缓慢衰败、累积有害突变的征兆。


随着大量证据的出现,这个现象也被命名为 突变载量递增 (increasing mutational load)




这到底是怎么回事呢?这要从人类进入文明社会后 DNA 发生的变化说起。


你的 DNA 是你的合成蓝图,它们一半是来自你妈的拷贝,另一半是来自你爸的拷贝。但是拷贝的过程中,DNA 会出错,这就是突变。我们出生时,平均每个人拥有100个爸妈没有的新突变。


虽然不是所有的突变都是有害的,但要是在史前,携带多种有害突变的孩子恐怕没法活到生子,甚至都无法养活自己,他们的基因无法进入人类基因池,而被自然选择淘汰。



1.2万年前的智人男性 Mandal man

@lvain Entressangle & Elisabeth Daynes/Science Source



从这个意义上来说,我们的祖先都是非常优秀的,他们经历了残酷的自然选择。他们给我们留下的遗产——DNA 都是经过千锤百炼的。


但是随着农业和工业革命的到来,现代人的生存环境比祖先们的要友好得多,许多致死疾病也不再致命,自然选择的作用开始减弱。



比如,20世纪初的时候,携带I型糖尿病(一种高度可遗传的糖尿病)的风险基因的人一般会早死,服从自然选择。但是现在,这些人可以终身使用胰岛素,过上正常的生活,生儿育女,把他们的有害突变遗传下去。


和I型糖尿病类似,不少突变导致的疾病在现代社会里能得到更好的治疗, 过去的致命疾病现在变成了慢性病,靠药物可以控制,因此相关基因突变也不会从基因池中被剔除。


实际上,科学家们对小鼠、蠕虫和其他许多动物的实验发现,在没有自然选择的情况下,实验室动物的突变发生率会不断增长,整个种群会变弱,适合度 (生物个体或群体适应环境的程度) 降低。


换言之,随着文明的发展,人类基因池成了有害突变的避难所。



自然选择下线


最开始发现人类基因组不断累积突变的现象的是美国遗传学家,因为发现X射线诱导突变而获得诺奖的 Hermann Joseph Muller。Muller 在大约70年前发现了这个惊人的现象。


Hermann Joseph Muller

@britannica


Muller 当时的研究发现,有害突变会不断产生,平均每个新生儿带着50-100个新的突变出生。这还不算,我们已经从父母和祖先那里继承了一大坨有害突变了。而纵观人的一生,每次细胞分裂,都会收获3个突变。


Muller 担心, 不再受到自然选择的诸多限制,甚至开始操纵自然的人类要为此买单,承受由于缺乏自然选择带来的“自净”功能而导致的恶果。


即使是从当时的社会背景来看,Muller 的担心也并不多余。 50年代,美国在大量测试核武器,辐射尘埃在大气中四处散播。发现X射线诱导突变的 Muller 不可能对此视而不见,他担心核武器试验将要将人类逼上灭绝的道路。


雪上加霜的是,Muller 还发现,人类基因组里有很多 基因连锁群 (linkage group) ,相当于捆绑销售(遗传),无法拆开的一群基因,它们不符合孟德尔遗传规律。



有害基因会影响这些基因连锁群,产生连锁反应。这就是著名的 缪勒氏齿轮 (Muller's ratchet) ——基因连锁群只会变得越来越差,而不会反弹,就像无法反转的齿轮一样。


意识到了这点后,在1950年的 Our load of mutation 一文中,Muller 指出, 如果突变率太高,人类基因组会不可避免的恶化,最终导致人类灭亡。



“很难解释人类是如何幸存的”


那么,人类的突变率究竟有多大呢?


在 Muller 眼中,突变率高于0.5是危险的,也就是说,每代每个人的突变应当不超过0.5个,这样才能保证人类不会灭绝。


2018年,在一次美国卫生研究院 (NIH) 的演讲中,研究了突变载量18年的康奈尔大学的遗传学教授 John C. Sanford 指出,“学遗传学的人都知道,人类基因组累积了越来越多的有害突变,突变载量太大。现在科学家们的共识是,人类突变的速率是,每代人的每个人平均贡献了100个突变,”远远超过 Muller 给出的数字。




来看一些具体的研究。


1997年,生物学的另一位大佬,威斯康星大学麦迪逊分校的遗传学家 James F. Crow 发表在《美国国家科学院院刊》 (PNAS) 上的论文发现,在过去的几百年里,有害突变一直在不断累积。Crow 估计, 有害突变导致的繁殖能力下降率大概是每代人下降1-2%


无独有偶 ,1996年,一些德克萨斯大学医学分校的研究者在对人类线粒体基因组 (线粒体里也有DNA,和细胞核里的DNA不同) 测序后,也发现人类线粒体基因组累积的突变太多。在这篇被引用了260多次论文中,他们发问:“我们要密切关注这个问题,那就是带有这么高突变载量的系统如何演化下去。”




更糟糕的是,对于人类来说,几乎所有的非中性突变都是有害突变。


作为证据,1999年,英国萨塞克斯大学的生物学家 Adam Eyre-Walker 和爱丁堡大学的生物学家 Peter D. Keightley 发表在《自然》上的一项研究发现, 人类的基因突变率非常高,而且其中 只有少部分是有益突变,大部分是有害的。 这项研究目前被引用了超过400次。


具体来说,Eyre-Walker 和 Keightley 对41 471个编码蛋白质的基因碱基进行了研究,发现了从6百万年前,也就是人类和黑猩猩分化后人类累积了143个突变,其中88个是有害突变。


Eyre-Walker 和 Keightley 直接写下了这样的句子:“ 很难解释人类是怎么幸存下来的,因为人类的突变率如此之高 (U>>1,每代的每个人的突变远大于1个) 而繁殖率又如此之低 ,这对一个物种来说是很矛盾的。人类,以及人类的近亲的有害突变率如此之高,以至于这些物种的存活很成问题。”



人类基因组衰落的症状



人类基因组的衰变已经有了具体的症状。


2017年,发表在《美国国家科学院院刊》上的另一项研究发现,在过去的80年里, 爱学习的基因衰落了


研究者对近13万名出生在1910-1990年间的冰岛人进行了基因测序, 并计算了62万个和受教育时长有关的多基因风险评分 (Polygenic score)



他们发现,那些携带和更长受教育时间相关基因的人生的孩子更少,也就是说高学历基因在整个冰岛基因池中的百分比正变得越来越低。而即使是那些携带了“爱学习”基因,但事实上没有接受很长时间教育的人,生的孩子也更少。


这项研究的主要作者 Kari Stefansson 表示:“人类是因为大脑才和其他物种不一样,而教育是训练大脑的重要途径。但是和受教育年限有关的基因在基因池里却正变得越来越少。” 他们还估计,平均每10年,冰岛人的IQ就会下降0.3分 (IQ均值为100,大多数人的IQ在70-130之间)


这不仅仅是冰岛一个国家的问题。早在在2016年,哈佛大学的经济学家 Jonathan Beauchamp 发表于《美国国家科学院院刊》的研究也指出,美国人的“爱学习”基因也在人群基因池中逐渐缓慢地消失。








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