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撤稿!自然子刊撤稿韩春雨NgAgo论文,系作者主动撤回!

青塔  · 公众号  · 大学生  · 2017-08-03 07:46

正文

在国内外学者几番公开质疑其可重复性过去一年后,河北科技大学副教授韩春雨关于新基因编辑技术NgAgo-gDNA的论文已由《自然-生物技术》撤回。

北京时间8月3日,《自然-生物技术》发表题为《是该数据说话的时候了》社论,并宣布撤回韩春雨团队于2016年5月2日发表在该期刊的论文。澎湃新闻此前便已获悉,论文撤回,是韩春雨主动申请撤回。《自然-生物技术》在社论中表示:“我们现在确信韩春雨的撤稿决定是维护已发表科研记录完整性的最好做法。”

《自然-生物技术》在发表社论的同时,发布了韩春雨团队的撤稿声明。“由于科研界一直无法根据我们论文提供的实验方案重复出论文图4所示的关键结果,我们决定撤回这项研究。”

“虽然许多实验室都进行了努力,但是没有独立重复出这些结果的报告。因此,我们现在撤回我们的最初报告,以维护科学记录的完整性。不过,我们会继续调查该研究缺乏可重复性的原因,以提供一个优化的实验方案。”韩春雨团队在撤稿声明中表示。

韩春雨

韩春雨出生于1974年,现为河北科技大学副教授,本科毕业于河北师范大学,硕士就读于中国农业科学院,在中国协和医科大学取得博士学位。

在学术出版里,受到广泛质疑的论文在期刊的调查和协调下,往往由论文作者主动向期刊申请撤稿,以减少对论文作者科学信誉的伤害,同时避免更多的科研工作者继续引用该论文。

在前述社论中,《自然-生物技术》透露了长达数月的调查过程:“我们内部的图像完整性筛查没有发现韩春雨论文的明显异常,复查数据的三位外部评审人也持相同观点”,“我们也询问了论文作者是否可以解答科研界为何难以重复他们的结果。于是,去年12月,韩春雨及同事,还有另外几个与本刊联系的独立研究小组,提供了新的数据,称已经重复了NgAgo基因编辑活性。当时,本刊编辑和一位外部评审人都判定这些数据太过初级,不满足发表标准。因此,我们决定给这些原始论文作者和新的研究小组更多时间来收集更多的能支持其论点的实验证据。”

《自然-生物技术》表示:“现在,距原论文发表已过去了一年多,我们了解到当初曾报告说初步成功重复出实验结果的独立研究小组,无法强化初始数据,使其达到可发表的水平。类似的,在征求专家评审人的反馈意见后,我们判定韩春雨及同事提供的最新数据不足以反驳大量与其初始发现相悖的证据。我们现在确信韩春雨的撤稿决定是维护已发表科研记录完整性的最好做法。”

此前,该论文甫一发表,韩春雨团队及其报告的NgAgo技术得到了诸多喝彩声。论文中所描述的NgAgo技术是利用格氏嗜盐碱杆菌(Natronobacterium gregoryi)的Argonaute核酸内切酶,以DNA为介导进行基因编辑,简称NgAgo-gDNA。

在论文中,韩春雨团队使用NgAgo-gDNA技术,在哺乳动物细胞基因组上的47个位点进行了100%的基因编辑,效率为21.3%~41.3%。按照韩春雨团队的实验结果,该技术效率之高,能媲美已有“基因魔剪”之称的CRISPR-Cas9,对基因的特定位点进行准确地剔除、添入等。

但同年7月以来,该论文的可重复性得到国内外学者的广泛质疑。在按照韩春雨论文所述的方法进行实验后,他们无一例外地没有看到NgAgo技术有能编辑基因的迹象。

韩春雨NgAgo事件的主要发展过程与关键时间节点如下:

  • 2015年6月3日,韩春雨向Nature Biotechnology投稿。12月21日,浙江大学沈啸和韩春雨提交“以Argonaute核酸酶为核心的基因编辑技术”的专利保护申请。2016年3月21日,Nature Biotechnology接收韩春雨的投稿,并在5月2日在线发表其题为DNA-guided genome editing using the Natronobacterium gregoryi Argonaute论文。

  • 2016年5月8日,多家知名微信公众号以一鸣惊人为题,先后报道韩春雨在极端艰苦与简陋的条件下,做出世界级的科技成果,韩春雨首次进入大众视野,引发热议,并受到许多媒体热捧。对于许多处于中国学术体制边缘地带的本土青年学者,韩春雨的成功具有极大的励志效应,让很多人看到自己的希望。

  • 2016年5月27日,首个声称未能重复韩春雨实验的帖子在未名空间BBS出现,据称来自中科院上海分院。其后此类质疑在不同平台不断涌现。2016年7月2日,知名学术打假人方舟子发表《河北科技大学韩春雨“诺贝尔奖级”实验的重复性问题》,对其进行公开质疑,NgAgo基因编辑技术的争议开始进入大众视野。

  • 2016年7月13日,韩春雨当选为河北省科协副主席,并在当月被河北科大推荐为“长江学者奖励计划”候选人。8月18日,韩春雨获评“美丽河北·最美教师”荣誉称号。8月31日,河北省发改委批复同意投资2.24亿建设河北科大基因编辑研究中心。9月30日,河北科技大学推荐韩春雨做为“万人计划”“中青年科技创新领军人才”。同时,基金委网站显示,韩春雨获批题为“NgAgo-gDNA基因编辑技术的完善与应用探究”的100万科学基金,自2017年1月开始,为期两年。

  • 2016年7月21日,中科院神经所研究员仇子龙发表声明,称能在基因组水平看到NgAgo引起的基因编辑,并呼吁韩春雨尽快发布NgAgo 2.0版和Smart版。这是韩春雨之外迄今唯一实名宣布加入NgAgo和ssDNA后可以看到基因编辑的研究组。

  • 2016年7月29日,澳大利亚科学家Gaetan Burgio发表长文,表示不能重复韩春雨论文图4的结果;国际转基因技术协会则给会员群发邮件,告诫大家“NgAgo无法在哺乳动物细胞中进行基因编辑。。。不要再浪费时间、金钱、人力和课题。” 这一新的发展随后被国内多家知名微信公众号与媒体报道,NgAgo争议国际化、大众化、白热化。

  • 2016年8月2日,Nature Biotechnology首次对争议表态,“已有若干研究者联系本刊,表示无法重复这项研究。本刊将按照既定流程来调查此事。” 8月8日,Nature杂志则争议做了专题新闻报道,称有不愿透露姓名的科学家向Nature记者证实实验的可重复性。河北科技大学则表示,在一个月之内韩春雨将采取适当形式公开验证,届时将有权威第三方作证。8月9日,韩春雨应Addgene要求,发布新版的protocol;

  • 2016年9月4日,知名微信公众号与诸多媒体纷纷指出“一个月”期限已到,之前所传“韩春雨将采取适当形式公开验证,届时将有权威第三方作证”的承诺并未兑现,争议再次成为焦点;

  • 2016年9月9日,方舟子向国家自然科学基金委举报韩春雨,并建议北京大学饶毅、清华大学鲁白、和北京生命科学研究所邵峰等知名生物学家参与调查。9月11日,澎湃新闻发布化名文章,呼吁河北科大启动对韩春雨学术诚信的调查;

  • 2016年10月10日,北京大学分子医学研究所教授熊敬维,北京大学生命科学学院研究员孙育杰,中科院动物研究所研究员王皓毅、李伟,中科院生物物理研究所研究员王晓群,中科院生物化学与细胞生物学研究所研究员李劲松,中科院上海生科院神经科学研究所研究员杨辉,浙江大学生命科学研究院教授王立铭,上海交通大学教授吴强,华东师范大学生命科学学院研究员李大力,哈尔滨工业大学教授黄志伟,温州医科大学教授谷峰等13位中国生物学家联名在媒体上公开发声,表示无法重复该实验结果,呼吁有关部门启动学术调查。

  • 2016年10月10日,《科技日报》头版刊发《韩春雨就“重复实验失败”答科技日报记者问》。在接受采访的时候,韩春雨拒绝自证清白。同天晚些时候,12位学者实名发声,公开表示他们所在的实验室未“重复”出韩春雨的实验。记者随后致电韩春雨,韩春雨表示 “我不做任何评价”,“过上一两周左右,我们这边还会有回应。”

  • 2016年10月14日,河北科技大学向媒体提供一份题为《关于舆论质疑韩春雨成果情况的回应》的书面材料,表示学校对此事一直给予积极关注。目前已经校外独立机构运用韩春雨团队的NgAgo技术实现了基因编辑,该机构与韩春雨团队的合作正在洽谈中。

  • 2016年11月11日,南通大学刘东课题组和复旦大学王永明教授在Cell Research以Letter to Editor的形式发表了自2016年5月2日文章以来的第二篇NgAgo原创论文“NgAgo-based fabp11a gene knockdown causes eye developmental defects in zebrafish”。该研究没有发现NgAgo能够进行基因编辑,但可以把基因敲低。文章没有支持或者反驳韩教授的结果;

  • 2016年11月15日,由高教出版社、北京生命科学研究院、和中国生物物理学会联合主办、高教出版社和Springer共同出版的开放获取期刊Protein & Cell在线刊登一篇国内外20名生物学家联合撰写的学术评论,题为Questions about NgAgo,首次在学术期刊上,严肃正式地提出NgAgo基因编辑技术的不可重复性。同时呼吁韩春雨团队澄清疑问;

  • 2016年11月19日,Nature Biotechnology发表线上声明,表达了以下四点:(1) NBT刊登经同行评议的美国、德国、韩国9家单位联合评论文章“Failure to detect DNA-guided genome editing using Natronobacterium gregoryi Argonaute”,即无法实现NgAgo基因编辑功能;(2)对韩春雨论文表达编辑关切,即Editorial Expression of Concern;(3)设定2017年1月期限,限作者予以澄清说明,“provide them with the opportunity to do that by January 2017”; (4) 韩春雨与沈啸同意Editorial Expression of Concern,但另外三位作者反对!

  • 2017年1月9日,国家知识产权局1月9日发布“视为撤回通知书”,显示河北科技大学生物科学与工程学院生命科学系副教授韩春雨与浙江大学基础医学院研究员沈啸作为发明人的“以Argonaute核酸酶为核心的基因编辑技术”专利申请被撤回。这一行为,一度被广泛解读为专利申请人对技术可重复性信心不足的表现。然而在1月12日,韩春雨团队发表声明,表示从知识产权保护策略的角度,他们选择采取国际专利向中国递交的方式来保护中国国内专利;

  • 2017年1月19日,河北科技大学发布消息,作为全球工业酶制剂和微生物制剂主导企业的丹麦诺维信公司,与河北科技大学基因编辑技术研究中心在NgAgo-gDNA基因编辑技术工具的合作研发和产业化应用方面已经签署了合作协议,在已达成合作条件的前提下共享各自的NgAgo技术成果,并在未来共同致力于该技术的进一步改进和完善。该公司表示,他们已经测试了该项技术,看到了其可能有用的一些迹象,并且已经向河北科技大学支付了一笔预付款;

    同一时间,Nature Biotechnology没有如约在1月底发布结论性结果,他们在声明中指出,目前已经获得了NgAgo系统可重复性相关的新数据,但在做出结论之前还需要进一步分析的发布。韩春雨随后证实,新数据由他们团队提供。

  • 2017年5月9日,Nature Biotechnology在线发布“编辑部关切”(Addendum: Editorial Expression of Concern),表明期刊编辑注意到了读者们对韩春雨2016年5月2日在线发表的有关NgAgo论文重复性的担忧。相关作者已经知晓这份声明,调查还在继续中,韩春雨和沈啸也同意了NBT编辑部的这一关切与声明。但是论文的其他几位作者高峰、Jiang Feng和Yongqiang Wu觉得这个时候发布关切不合适。编辑部最后表示,一旦完成相关调查,将会公布这些结果;

  • 2017年5月20日,中央电视台CCTV-13频道《新闻调查》栏目播出了以“副教授韩春雨”为题的深度调查节目。其中回顾了NgAgo基因编辑事件的来龙去脉,并播出了韩春雨在2016年12月27日接受央视采访的内容。

以下为《自然-生物技术》社论全文及韩春雨撤稿声明(中文翻译版本):

《自然-生物技术》社论:是该数据说话的时候了

一项宣称通过Argonaute酶实现基因编辑的研究被撤回,这显示了论文发表后的同行评议在全天候媒体时代的重要性。

本期,韩春雨及同事撤回了发表于去年5月的一篇论文。该论文称,短5′磷酸化单链DNA可引导格氏嗜盐碱杆菌核酸内切酶(NgAgo)产生双链断裂,实现对人类基因组的编辑。论文一发表,便引起科研人员的极大兴趣和媒体的竞相报道。但是很快,在推特、博客和其它社交媒体的助燃之下,有关该研究可重复性的质疑开始迅速增多。去年11月,本刊发表了“编辑部关注”(Editorial Expression of Concern),提醒科研界留意这些可重复性方面的担忧。为了最终解决这个争议,多个研究小组在数月里生成了更多的实验数据。如今尘埃落定,这也是世界各地的许多实验室为澄清NgAgo的功能而付出的大量时间、精力和资金的证明。

韩春雨的这篇论文自去年发表后所产生的影响力,再怎么夸张地说也不为过,尤其是在论文的来源地中国。中国媒体纷纷进行报道,以大标题宣告一项全新基因编辑系统的发现。这无疑是一篇中国去年被报道最多的论文;媒体监测公司融文(Meltwater)的数据显示,仅在论文发表后的最初两个月,就有将近4000篇相关的中文新闻报道。

NgAgo的轰动之处集中在它有可能补充,甚至取代CRISPR/Cas9基因编辑系统之一点上。NgAgo有望以一个目标序列进行基因编辑(Cas9不仅需要目标序列,还需要另外一个附近的识别(PAM)序列)。而且,初始数据还显示了它在其它方面的优势,如引物的稳定性更强(DNA相对于Cas9采用的RNA),增强特异性,减少基因组编辑脱靶,改善在基因组富含GC区域的活性,以及使所用的试剂更易于合成和处理。

如果说这一切都听上去太过美好而令人难以置信,那么去年夏天以来,随着越来越多的实验室无法重复该论文所报告的基因组编辑功能,质疑声便开始出现了。在各种基因组编辑会议上,在新闻讨论组和电子邮件中,这篇论文成为最热话题之一。这很快便引起媒体注意,有关该初始报告有效性的正反两方面的声音开始交锋。我们内部的图像完整性筛查没有发现韩春雨论文的明显异常,复查数据的三位外部评审人也持相同观点。

在此期间,《自然-生物技术》一直与科研界保持联络,关注各种为重复论文所做的持续努力。最终,在编辑们的协调下,三个独立小组的成果形成了一篇单独的反驳性论文,并通过了同行评议(Nat. Biotechnol.34, 768–773, 2016)。有了这些数据,我们就有充分的理由去提醒读者留意该论文可能存在问题,我们将正式的“编辑部关注”发表在该篇论文所在的网址上,此举得到包括韩春雨在内的两位论文作者的支持。

我们也询问了论文作者是否可以解答科研界为何难以重复他们的结果。于是,去年12月,韩春雨及同事,还有另外几个与本刊联系的独立研究小组,提供了新的数据,称已经重复了NgAgo基因编辑活性。当时,本刊编辑和一位外部评审人都判定这些数据太过初级,不满足发表标准。因此,我们决定给这些原始论文作者和新的研究小组更多时间来收集更多的能支持其论点的实验证据。

现在,距原论文发表已过去了一年多,我们了解到当初曾报告说初步成功重复出实验结果的独立研究小组,无法强化初始数据,使其达到可发表的水平。类似的,在征求专家评审人的反馈意见后,我们判定韩春雨及同事提供的最新数据不足以反驳大量与其初始发现相悖的证据。我们现在确信韩春雨的撤稿决定是维护已发表科研记录完整性的最好做法。

这篇有关NgAgo的论文发表出来,并不是科研过程的结束,而是开始。与任何其它发表出来的报告一样,正是广大的科研共同体对相关方法进行了检验,识别潜在的错误来源,验证试剂并优化试验。在本例中,有多位敬业的研究者个人对已发表实验方法的各种细节进行检验,并完成记录翔实和有对照组的反驳性研究 (Protein Cell 7, 913, 2016; Cell Res. 26, 1349–1352, 2016; PLoS One, 12, e0177444, 2017)。 
这篇NgAgo论文也显示了社交媒体的利与弊。显然,这些平台对于迅速提醒广大科学界留意该论文可能存在的问题发挥了重要作用。但是,它们也抬高了人们的预期,以为有关这篇论文的问题是直截了当,可以快速解决的。然而,关于NgAgo的各种问题是无法在几个星期或几个月内就能澄清的,这是有原因的。即使是简单的实验也需要花费数周来准备、实施、分析和解决出现的问题。另外于事无益的是,那些进行可重复性研究的人,其付出的努力往往得不到回报——这样的工作单调乏味,没有资金支持,还吃力不讨好。

难怪在希望得到快速、明确答案的全天候媒体和公众眼中,论文发表后的同行评议流程似乎慢得让人沮丧。但是,当涉及生物学时,往往没有明确的答案。当研究重复性时,有一点我们是知道的,那就是这需要花时间来做。就这篇有关NgAgo的论文而言,现在是时候了,数据已经说话了。

社论链接:

http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/full/nbt.3938.html

撤稿:利用NgAgo进行DNA引导的基因组编辑

作者:高峰,沈啸,姜峰,武永强和韩春雨

Nat. Biotechnol.34, 768-773 (2016); 2016年5月2日在线发表,论文进入印刷版后2016年11月28日在线发表补编;2017年8月2日撤稿;doi:10.1038/nbt.3547

由于科研界一直无法根据我们论文提供的实验方案重复出论文图4所示的关键结果,我们决定撤回这项研究。在该图中,我们报告说,利用5′磷酸化单链DNA作为引导,NgAgo(Natronobacterium gregoryi Argonaute)能够有效引起双链断裂,并对人体细胞基因组进行编辑。虽然许多实验室都进行了努力(Protein Cell 7, 913-915, 2016; Nat. Biotechnol.35, 17-18, 2017; Cell Res.26, 1349-1352, 2016; PLOS One 12, e0177444, 2017) ,但是没有独立重复出这些结果的报告。因此,我们现在撤回我们的最初报告,以维护科学记录的完整性。不过,我们会继续调查该研究缺乏可重复性的原因,以提供一个优化的实验方案。

撤稿声明链接:

http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n7/full/nbt.3547.html

(本文整理自澎湃新闻、知社学术圈公众号等)