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❤又到了“中医药”时刻！今天可是大福利哦！
❤“网络药理学+分子对接”，是不是有点审美疲劳了？那“分子动力学模拟”如何？这个见得就少了！分析难度低，创新性还高，堪称上分神器！
“网络药理学”负责批量获取药物成分和作用靶点的关系对；“分子对接”能对关系对进行筛选和验证；而“分子动力学模拟”就是“分子对接”的升级和进阶版。两者的区别就是，“分子对接”是静态模拟，准确性有限；而“分子动力学模拟”能模拟生物分子在时间和空间上的动态行为，准确性更高！两者整合进行，则获取的“成分-靶点”关系对更加可靠，有力支撑药物作用机制研究与新药研发。
生信塔今天展示的案例，是由广州中医药大学团队12月份发表在“International Immunopharmacology”（4.8分的中科院二区TOP期刊）上，关注于双氢青蒿素（DHA）治疗缺血/再灌注急性肾损伤（AKI）的机制，只用了2个月就接受。
❤本研究为经典的三段式：网药+分子对接/分子动力学模拟+实验验证
药物和疾病靶标获取：
从TCMSP数据库获取药物靶点，靶点和基因名称通过Uniprot数据库转换；在genecards、OMIM、Disgene数据库获取“急性肾损伤”的相关基因；
❤分子对接：
从PubChem数据库下载DHA的PubChemID，并使用能量最小化的Chem3D软件和AutoDock软件加工分子环肽。利用AutoDock Vina软件对筛选出的化学成分与靶标进行分子对接；
分子动力学模拟：
使用Gromacs 2022.3版本软件进行分子动力学模拟；采用最速下降法最小化分子动力学模拟系统进行模拟；利用相关工具结合自由能（MMGBSA）和自由能计算出各氨基酸轨迹的均方根偏差（RMSD）、均方根下降（RMSF）以及蛋白质回转半径。
