6月21日，万科发布了董事会换届方案，这次提名由刚刚通过两次股权受让后成为万科第一大股东的深圳地铁发起。从深圳地铁提供的新的董事会候选名单中，王石退出董事会让位郁亮，新的董事候选人有三位来自于万科管理层，有三位来自深圳地铁，而持股25.4%的第二大股东的宝能并没有人选出现在换届候选名单中。
与此同时，万科发布公告称，该临时提案已通过现任董事会审议，将在6月30日，接受2016年年度股东大会的表决。
对此有律师表示颇为不解。上海市华荣律师事务所合伙人许峰表示，“通常来看，一个正常的理性的上市公司股东，持股很大的时候，即使是财务投资考虑，而放弃本该拥有的董事提名权，那也是不正常的，因为提名董事并不影响自己作为财务投资人的定性考虑。”此前另有大型律所合伙人指出，作为财务投资人的宝能，且不论最后是否能通过股东大会当选，至少在提名议案阶段，能获得2个席位的机会。
公告显示，此次深圳地铁的提名，万科的董事会结构仍然维持了“三三一四”格局，万科占三席，分别是郁亮、王文金和张旭。同样，与当初华润向万科派驻三名董事类似，现已坐上万科第一大股东之位的深圳地铁集团如今也决定向万科派驻三名董事，即林茂德、肖民和陈贤军。万科新一届董事会中也再次引入了外部董事，即有意推选深圳市赛格集团董事长、党委书记孙盛典担任公司董事一职。
而在四名独立董事提名人选中，有中央财经大学中国企业研究中心主任刘姝威，她在宝万之争中多次发表文章支持万科的管理层。根据中国证监会在《关于在上市公司建立独立董事制度的指导意见》中的规定：“上市公司独立董事是指不在上市公司担任除董事外的其他职务，并与其所受聘的上市公司及其主要股东不存在可能妨碍其进行独立客观判断关系的董事。”有媒体质疑，刘姝威与万科目前的主要股东宝能之间“存在可能妨碍其进行独立客观判断关系”，影响独董的独立性，因此认为刘姝威不宜担任万科独董。
另一位拟推选的独立董事吴嘉宁则曾任毕马威中国副主席，其他两位独立董事人选是康典和李强。值得注意的是，李强目前担任前海金融控股的董事长，而前海金控是由前海管理局发起设立的国有独资金融控股公司，与深铁集团拥有相同的主管单位。
候选人名单中未出现第二大股东宝能系及其他股东的代表。深铁表示，在向万科提交董事会监事会换届临时提案前，征求了万科现有主要股东等各方意见。北京金诚同达律师事务所高级合伙人、法学博士汪涌以及北京金诚同达律师事务所高级合伙人郑晓东认为，深圳地铁对万科的临时提案合法合规。
对此，许峰律师表示，“万科曾经是中国上市公司治理规范的典型，常年为市场所称道，但此次控制权争夺过程中所暴露出来的问题，不能不说非常遗憾。当前控制权争夺临近尾声，让每一个股东都能够正常地自由地合理地行使其股东权利，也应该成为万科事件收尾的一个重要考量标准。所以，有理由怀疑，万科此次有些持股较大的股东不去提名董事，可能从另外一个角度显示了万科在公司治理方面仍存在一些需要改进的空间。”
基石投资董事长张维则表示，宝能没有提名是一个非常耐人寻味的（问题），就是因为它股权的资金来源，形成一个巨大的法律争议，宝能我说它最早做了一个价值发现，它作为一个门口的野蛮人，也展示了资本的价值，促使万科认识到充分的尊重股东，宝万之争在中国企业发展史上，是一个非常具有典型意义的重要篇章。
许峰律师称，“万科的公司治理是否存在公司之外法律之外的干涉因素？这也让市场对万科公司治理的透明度产生了很大的怀疑。万科作为一家老牌上市公司，有理由在公司治理和信息披露方面作出更多的改进和努力。”
此外更有法律界人士为此撰写《深圳地铁尚无董事提名权 恒大委托说法不成立》一文称，“违规一：深圳地铁尚无非独立董事提名权；违规二：深圳地铁无法因受让恒大股份表决权/股份而满足非独董提名权要求；违规三：突击增加换届临时提案是否经与其他有权提名股东商议。万科事件之痛，要害不是谁做大股东，谁掌控董事会，更无关乎王石个人的去留。而是证券市场的规则是否能得到尊重？监管是否能做到公平？交易是否能做到公开？执法是否能做到公正？没有法治保障，就没有安全公共的交易环境。”
另有分析人士指出，在对待宝能持有的万科股权上，必须依照法律规定，让它充分行使与其持有股权匹配的股东权利。
实际上两年来，万科事件经历了多波曲折，舆论也为此出现了撕裂。放在国家经济的宏观背景中，保险机构与大股东作为一致行动人收购实业企业，确实会对国家的金融安全和实体经济发展产生威胁，因此这一事件的发生实际上是给监管部门以及更高层面的宏观经济调控作了一个重要的提醒。但就这一事件本身来说，对它的处理还是只能放在既有的法律框架内，因此，保监会对前海人寿的处罚尽管很严厉，但主要立足点是针对其内部出现的问题，而运用保险资金收购的万科股票并没有被监管部门判为无效。
中国政法大学商学院院长刘纪鹏也公开指出：“作为这个特定时期中国资本市场，作为险资入市这样一个大战略背景下的一个创新产物，从目前来看并没有给中国资本市场带来过大的损失。我们在他们的创新上更多的是一个完善的问题，而不是一棍子打死的问题。中国的险资是中国资本市场长期的战略投资人，这一点是坚定而且不能动摇的，它仅仅是个完善问题。”
根据万科公告，换届选举的临时提案，将在6月30日提交股东大会表决。
此前曾有报道称，深圳地铁在提名前征求万科主要股东意见，“宝能系”对上述提案持反对态度。在深圳地铁提名中，持股逾25%的第二大股东“宝能系”并无一席之位。但“宝能系”迄今亦未提出自己的董事提名方案，按照万科公司章程，股东提交临时提案须提前十日，目前距离万科股东大会已不足十日，“宝能系”循此例提名董事人选已过时间窗口。
6月21日，万科发布公告称，公司董事会在6月19日收到深铁集团的提议，提议公司董事会在2016 年度股东大会审议事项中，增加董事会改选及提名的临时提案。
这意味着，深铁集团在距离股东大会11天前将议案提交到了董事会，踩点式符合了“十日前提出临时议案”的章程要求。经过董事会决议后，万科在两日后将此议案公告。此时，距离股东大会召开只有9天时间，宝能系如果还想临时增加提名议案，已经不满足提前十天提交的要求，有评论认为，这是深铁和管理层对宝能的一次“绝杀”，让宝能连上场的机会都没有。
有分析指出，“宝能如果还想进入董事会，只能等深铁集团的这份议案在股东大会被否，尤其是郁亮和林茂德被否。”这样一来，宝能可以提出改选议案参加补选，由于宝能持有近26%的股权，那么宝能只要提名，在股东大会的表决上，即便是累积投票制，也能确保一个董事会席位。万科公司章程规定，非独立董事候选人名单由上届董事会或连续一百八十个交易日单独或合计持有公司发行在外有表决权股份总数百分之三以上的股东提出。
如此看来，宝能系仍有权利提出自己的利益诉求，提交另外一份董事及监事提名议案。但至少在即将在6月30日召开的股东大会上，宝能系的余地只剩下赞成与反对票。而提出新的补选议案，前提条件是6月30日至少有一个候选人被否决。根据北大法学院教授彭冰分析，宝能系的票数也很难否决掉深铁的提名议案。
此外记者还注意到，董事会换届之际，万科股权结构过于集中问题也凸显出来，在受让恒大所持14.07%万科A股份后，深铁持股比例升至29.38%，宝能持股25.40%、安邦7.18%、万科事业合伙人4.14%、万科企业股中心2.98%、刘元生1.21%，再加上其他机构股东和H股，万科A在市场中的流通盘估计只在10%左右。
由于流通盘太少，在最新公布的MSCI指数中，有222家A股公司被纳入其中，包括招商蛇口、保利地产、金地集团等地产股，而作为大盘蓝筹股的万科，却没有被纳入。
此前有媒体援引万科的一位机构股东观点称，“王石期待的是万科保持混合所有制结构，但目前的这个架构，混合的特征是有了，但是缺乏流通，也就没有活力，未来保持25%左右的流通盘，应该是比较好的状况。”
对此有媒体发表评论文章认为，按目前万科新一届董事会的名单，由于其缺乏第二大股东的代表，很容易在公司内部形成大股东操纵的局面。上市公司之所以是一种先进的公司治理制度，其中一个重要的基础就是公司董事会由代表股东各方利益的人员组成，董事会席位按股权进行分配。
上述评论认为，“在整个万科事件中，万科原管理班子与宝能闹得很不愉快，这就更需要万科和深圳地铁表现出足够的风度，而不是将其排斥在外。假如一个公司持有超过四分之一股权的大股东被排除在董事会之外，这个公司就不大可能做到平衡处理每一个股东的利益，公司内部形成大股东操纵的可能性将大大增加。未来的万科是不是会这样，这不是凭现在握有话语权的一方说一番大词就能够解决问题的，而是需要有制度的保障，这个保障就是向持有超过四分之一股权的第二大股东分配匹配的董事会席位。”
