如何快速下载NCBI-SRA的测序原始数据

生信草堂 · 公众号 · · 2017-07-01 11:15

正文

在高通量测序文章中，作者一般都会将原始数据上传到NCBI中，供后续研究者验证和参考。

而我们在文章中，可以获得的往往只有编号，例如：

那么该怎么来批量下载文章中的所有或某几个样本的数据呢？

打开 NCBI 数据库（ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ），在搜索框输入要查询的编号。

在搜索结果中勾选你感兴趣的样本，选择右上角 Send to – File – Accession List ，点击 Create File ，下载 SraAccList.txt 文件

下载安装最新版本 SRA Toolkit 。（ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sradownload/#ui-ncbiinpagenav-heading-4 ）

运行命令： prefetch --option-file SraAccList.txt

下载完成后，文件被存储在默认目录： /home/ usrname /ncbi/public/sra/

以上就是下载NCBI-SRA 的测序原始数据的方法，

欢迎小伙伴们留言讨论。

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