一般认为，新文化运动起自1915年陈独秀在上海创办《青年杂志》（第二卷起改名《新青年》）。1917年2月，《新青年》第二卷最后一期出版时，陈独秀已受聘为北京大学文科学长，故第三卷起改在北京编辑，作者队伍也随之发生重要变化，北京大学教师成为主体。这样，新文化运动的主阵地就移到了北京大学，胡适、钱玄同、鲁迅、周作人、刘半农、李大钊、沈尹默等成为《新青年》的主要编者和作者，他们都是北大的专任或兼任教师，其中以在北大文科特别是中国文学门（1919年改为中国文学系）任教者为主。新文化运动中，倡导“新文学”、反对“旧文学”的“文学革命”口号喊得最响亮，取得的成绩也最大，实与这些人的专业身份密不可分，甚至可以说新文化运动在北大的落实，主要就在文科教师乃至中国文学门教师的身上，即他们的专业身份，他们各自的文学主张，是新文化运动在北大内部的主要表现。此种情形的出现，与北大文科的建设历程特别是文学教育的历史密切相关。
从北大校史考察，京师大学堂成立之初，就与桐城派文人结下不解之缘。1902年初，诏命恢复在庚子兵燹中停办的京师大学堂，张百熙出任管学大臣。在其接引下，桐城派文人或服膺桐城者陆续进入大学堂，并分任要职。首先是由桐城派巨擘吴汝纶出任大学堂总教习，接着服膺桐城的严复被任命为大学堂译书局总办，对桐城文章情有独钟的古文家兼翻译家林纾也进入译书局任职，之后吴汝纶弟子绍英、桐城派文人郭立山等亦都在大学堂任职、任教。1904年初，《奏定大学堂章程》颁布，规定京师大学堂下设“经学科大学”“文学科大学”等八科，大学堂文科就此发展起来。“文学科大学”内设有“中国文学门”，需开设“文学研究法”“历代文章流别”等课程，并提醒教员“历代文章流别”一课，可仿日本的《中国文学史》“自行编纂讲授”。“经学科大学”“文学科大学”以及“中国文学门”的设立，更是为桐城文派进入大学堂大开了方便之门。
1906年起，桐城派的势力开始逐渐在京师大学堂文科居于优势。这年，林纾开始在大学堂任教。1909—1910年间，吴汝纶的女婿兼弟子柯劭忞任大学堂经科监督、暂署大学堂总监督。柯氏在任期间，所聘经科、文科教员多为桐城派文人，如马其昶、姚永朴、陈澹然等。1912年，严复主持大学堂，并出任大学堂改名为北京大学后的首任校长。上任伊始，严复将经、文二科合并为文科，请桐城派文人姚永概出任文科教务长，同时桐城派名流李景濂、吴闿生也被聘入北大任教，桐城派就此稳居上风。
在中国文学门，桐城派文人的课堂讲授和有关讲义不是从文学史入手，而是回到了传统文论的老路。林纾授课时，以姚鼐、曾国藩所选古文为据，宣讲桐城“义法”，其《春觉斋论文》明显反映出这一文论套路；姚永朴主讲“文学研究法”时，亦力倡桐城“义法”，并将讲义编成《文学研究法》一书，颇有影响。这样的做法，和民国建立后新学制的相关规定不尽吻合，即与当时增加“文学史”课程的要求不符。1913年何燏时任北大校长后，谋求对学校加以整顿，结果是林纾与姚永概因校园里的人事纠纷等原因，一并去职。与此同时，何燏时与预科学长胡仁源（1914年继任北大校长）开始引进章太炎一系的学者，章的弟子朱希祖、马裕藻、沈兼士、钱玄同、黄侃等陆续进入北大任教。1916年底蔡元培出任北大校长后，任陈独秀为文科学长，聘请刘师培为中国文学门教授，周作人等亦进入北大，从而使章门弟子的地位更加巩固。
在文学取向上，章门弟子较为普遍地崇尚魏晋六朝文，其中地位突出的黄侃尤为如此。黄侃在北大讲授《文心雕龙》，其后汇集讲义而成《文心雕龙札记》一书，表彰以《文选》为代表的魏晋六朝骈文，颇得时誉。与此同时，姚永朴仍在北大讲授桐城派的理论，推崇唐宋古文。双方在文学观念上针锋相对，但桐城派自林纾、姚永概离去后已是元气大伤，而倡骈文者则有章门弟子作后盾而士气正旺，所以后者渐占上风。黄侃虽是章太炎的弟子，但在文学理论方面更多受到刘师培的影响。黄、刘二人年岁相若，结识甚早，一直保持着朋友的关系。同在北大任教时，黄侃自觉经学不及刘师培，竟拜刘为师。刘师培成名甚早，学术上连创佳绩，甚至与章太炎齐名，并称“二叔”（章太炎字枚叔，刘师培字申叔），尽管1917年他方任教北大，可其文学主张十年前就已独树一帜。作为扬州后学，刘师培继承并发展了乡先贤阮元的文学思想，强调“骈文一体，实为文体之正宗”。对于刘师培的文学观念，章太炎并不完全赞同，黄侃则折衷师说，推陈出新，但见解上更靠近刘师培。黄、刘二人1917年在北大携手共开“中国文学”课，使倡骈文者一举占领北大讲坛。而姚永朴也恰在这一年离开北大，象征着桐城文派退出讲台。从此，北大由崇尚唐宋古文，转为提倡魏晋六朝骈文。
就在北大内部章门取代桐城、骈文压过古文之时，一个影响现代中国最大的文学浪潮兴起，这就是由胡适《文学改良刍议》和陈独秀《文学革命论》所发起的“文学革命”，倡导白话文、反对文言文是其主调。这一过程中，钱玄同概括的“选学妖孽、桐城谬种”的口号，使得“文学革命”的对象集中起来。不过，仔细考察，“选学妖孽”与“桐城谬种”虽并列，二者的境遇却大相径庭。有学者认为，“选学妖孽”是钱玄同受胡适《文学改良刍议》中“废骈废律”主张之触发并加之个人“感同身受”而提出的口号，其最初所指实乃为同门师兄弟的黄侃。时在北大讲授《文心雕龙》的黄侃，对于白话文有自己的一些看法。据当年就读北大的杨亮功回忆，黄侃“抨击白话文不遗余力，每次上课必定对白话文痛骂一番，然后才开始讲课。五十分钟上课时间，大约有三十分钟要用在骂白话文上面。他骂的对象为胡适之、沈尹默、钱玄同几位先生”。其中尤对有个人恩怨的钱玄同骂得厉害。表象上看，为人狂狷的黄侃似乎是白话文的反对者，但若全面深入地了解他对白话文的真实态度，会发现从清末到五四，其行动和言论都表明他并未片面排斥白话文，他所反感和针砭的是一些人企图完全废除文言文的言论。同样的，另一个“选学妖孽”刘师培对待白话文的态度也颇耐人寻味，刘“在课堂上绝少批评新文学，他主张不妨用旧有的文章体裁来表达新思想，这是用旧瓶装新酒的办法”。此种态度，与他早年在《中国白话报》上大量撰写白话文和肯定“俗语入文”“通俗之文”相比，固然是倒退了，但与极力攻击白话文的林纾等人的立场是有很大区别的。此种情形，加之人的因素——新文化人中旧学修养好、有能力从学理上批评“选学”的基本为章门弟子，这使得新文化运动在横扫“旧文学”时，明显地厚此薄彼，“章门弟子虚晃一枪，专门对付‘桐城’去了，这就难怪‘谬种’不断挨批，而所谓的‘妖孽’则基本无恙。……实际上，经太炎先生及周氏兄弟的努力转化，魏晋风度与六朝文章，将成为现代中国最值得重视的传统文学资源”不仅如此，1919年初刘师培与黄侃出任《国故》总编辑之举，尽管被一些人视为是与新文化运动相对抗，但究其实也属新文化运动的一个插曲、一个侧面，很难说北大内部有新文化运动的真正反对者。
较之于北大的章门弟子及其同盟者，北大校外的林纾和桐城派才是新文化倡导者心目中的对立面。此时林纾和桐城派诸人虽被逐出北大，但仍具有相当影响。在皖系军阀徐树铮的庇护下，林纾出任徐创办的正志学校教务长，桐城派成员聚集于此，俨然形成一股与新文化运动相杭衡的势力。基于此，钱玄同不仅一再张扬“桐城谬种”之说，而且在1918年３月于《新青年》发表的《文学革命之反响》中与刘半农合演“双簧戏”，虚拟保守派文人王敬轩，对新文学大加攻击，文中的“敝志反对‘桐城谬种’、‘选学妖孽’”一语，把“桐城谬种”排到了“选学妖孽”之前。不仅如此，“文学革命”的主将胡适、陈独秀也和钱玄同等人相呼应，尤其是陈独秀做了大量批判桐城派的工作，使得“文学革命”的目标进一步集矢于桐城派。面对这些，林纾一开始的态度还相对平和，只是写文章主张“古文之不宜废”。但随着双方冲突的加深，他的反应也愈发激烈，1919年二三月间发表的《荆生》《妖梦》，不但将陈独秀、胡适、钱玄同诸人痛骂了一顿，甚至幻想将这帮人痛打、吃掉，使得矛盾愈加难以调和。就这样，陈独秀、胡适、钱玄同等人和林纾及桐城派的冲突从北大校内延伸到了校外。
综观上述情形，可以看出，就北大内部而言，将桐城派驱除出去客观上起到为“文学革命”扫清障碍的作用，使得北大整体上趋向新文化运动。尽管北大的章门弟子也非铁板一块，倡骈文者与倡白话者亦有分歧，但不妨碍大方向上的基本一致。那么章门弟子和新文化人为何一定要将桐城诸人作为对立面？“文学革命”为何是在桐城派被逼走的语境下展开？要回答这样的问题，就需要在现象背后探寻，进入清代学术史的脉络中寻求答案。
