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BioArt年度总结 | 42篇！中国学者2024年Nature Genetics论文发表汇总

BioArt · 公众号 · 生物 · 2024-12-29 09:30

正文

编者按

2024年度，中国学者在Nature Genetics杂志发表42篇研究论文（其中植物领域22篇）。同比上一年度的20篇，增幅高达110%。

2024年度中国生命科学Nature Genetics合集列表

（说明：按在线时间先后顺序列表，部分署名国外单位为主兼署国内单位的论文不计入，国内作者为共同通讯作者的论文计入）

Teng, J., Y. Gao, H. Yin, Z. Bai, S. Liu, H. Zeng, L. Bai, Z. Cai, B. Zhao, X. Li, Z. Xu, Q. Lin, Z. Pan, W. Yang, X. Yu, D. Guan, Y. Hou, B. N. Keel, G. A. Rohrer, A. K. Lindholm-Perry, W. T. Oliver, M. Ballester, D. Crespo-Piazuelo, R. Quintanilla, O. Canela-Xandri, K. Rawlik, C. Xia, Y. Yao, Q. Zhao, W. Yao, L. Yang, H. Li, H. Zhang, W. Liao, T. Chen, P. Karlskov-Mortensen, M. Fredholm, M. Amills, A. Clop, E. Giuffra, J. Wu, X. Cai, S. Diao, X. Pan, C. Wei, J. Li, H. Cheng, S. Wang, G. Su, G. Sahana, M. S. Lund, J. C. M. Dekkers, L. Kramer, C. K. Tuggle, R. Corbett, M. A. M. Groenen, O. Madsen, M. Gòdia, D. Rocha, M. Charles, C.-j. Li, H. Pausch, X. Hu, L. Frantz, Y. Luo, L. Lin, Z. Zhou, Z. Zhang, Z. Chen, L. Cui, R. Xiang, X. Shen, P. Li, R. Huang, G. Tang, M. Li, Y. Zhao, G. Yi, Z. Tang, J. Jiang, F. Zhao, X. Yuan, X. Liu, Y. Chen, X. Xu, S. Zhao, P. Zhao, C. Haley, H. Zhou, Q. Wang, Y. Pan, X. Ding, L. Ma, J. Li, P. Navarro, Q. Zhang, B. Li, A. Tenesa*, K. Li*, G. E. Liu*, Z. Zhang*, L. Fang* and G. C. The Pig (2024). "A compendium of genetic regulatory effects across pig tissues." Nature Genetics 56(1): 112-123.（20240104，丹麦奥胡斯大学，房灵昭；华南农业大学，张哲；美国农业部农业研究局，George E. Liu；中国农业科学院深圳农业基因组研究所，李奎；英国爱丁堡大学，Albert Tenesa）整理出猪迄今最大规模的转录组大数据集，构建了多组织基因表达谱。
Huang, W., T. Xiong, Y. Zhao, J. Heng, G. Han, P. Wang, Z. Zhao, M. Shi, J. Li, J. Wang, Y. Wu, F. Liu, J. J. Xi*, Y. Wang* and Q. C. Zhang* (2024). "Computational prediction and experimental validation identify functionally conserved lncRNAs from zebrafish to human." Nature Genetics 56(1): 124-135. （20240109，清华大学，张强锋；北京大学，汪阳明，席建忠）开发了一套新的计算流程，在包括人类、小鼠、斑马鱼在内的8种脊椎动物中，鉴定保守的同源lncRNA，工作同时开发了基于CRISPR的基因敲除和回补筛选系统，通过实验验证了所鉴定的同源lncRNA在不同物种中的保守功能，为该领域的研究提供了新的思路。（专家点评Nat Genet | 张强锋/汪阳明/席建忠团队开发鉴定同源长非编码RNA的新方法）
Zhong, T., M. Zhu, Q. Zhang, Y. Zhang, S. Deng, C. Guo, L. Xu, T. Liu, Y. Li, Y. Bi, X. Fan, P. Balint-Kurti and M. Xu* (2024). "The ZmWAKL–ZmWIK–ZmBLK1–ZmRBOH4 module provides quantitative resistance to gray leaf spot in maize." Nature Genetics 56(2): 315-326. （20240118，中国农业大学，徐明良）系统阐述了从基因克隆、免疫信号传递到防御响应的复杂抗病分子机制。这不仅丰富了人们对作物数量抗病机理的了解，也为抗灰斑病的玉米分子育种提供了重要的分子靶标。
Wang, M., Y. Liu, R. Sun, F. Liu, J. Li, L. Yan, J. Zhang, X. Xie, D. Li, Y. Wang, S. Li, X. Zhu, R. Li*, F. Lu*, Z. Xiao* and H. Wang* (2024). "Single-nucleus multi-omic profiling of human placental syncytiotrophoblasts identifies cellular trajectories during pregnancy." Nature Genetics 56(2): 294-305. （20240124，中国科学院动物研究所，王红梅；北京理工大学，肖振宇；中国科学院遗传与发育生物学研究所，陆发隆；北京大学，李蓉）系统描绘了妊娠不同时期STB细胞核的动态异质性和发育轨迹，通过基因调控网络分析确定了不同STB细胞核谱系特异性的核心转录因子，为全面揭示人类胎盘STB细胞核的异质性及其功能奠定了关键基础，为胎盘功能异常相关妊娠并发症的研究提供了重要理论支撑。（Nat Genet | 王红梅/肖振宇/陆发隆/李蓉团队揭示人类胎盘多核结构——合体滋养层细胞核的异质性及调控机制）
Liu, L., R. Yan, P. Guo, J. Ji, W. Gong, F. Xue, Z. Yuan* and X. Zhou (2024). "Conditional transcriptome-wide association study for fine-mapping candidate causal genes." Nature Genetics 56(2): 348-356. （20240126，美国密歇根大学，周翔；山东大学，袁中尚）该工作开发了TWAS精细定位方法GIFT。（Nat Genet | 周翔/袁中尚团队开发候选因果基因TWAS精细定位方法）
Li, W., C. Chu*, H. Li, H. Zhang, H. Sun, S. Wang, Z. Wang, Y. Li, T. M. Foster, E. López-Girona, J. Yu, Y. Li, Y. Ma, K. Zhang, Y. Han, B. Zhou, X. Fan, Y. Xiong, C. H. Deng*, Y. Wang*, X. Xu and Z. Han* (2024). "Near-gapless and haplotype-resolved apple genomes provide insights into the genetic basis of rootstock-induced dwarfing." Nature Genetics 56(3): 505-516. （20240212，中国农业大学，韩振海，王忆；美国哈佛大学，Chong Chu；新西兰皇家植物与食品研究所，Cecilia H. Deng）通过高质量和高精度的苹果基因组序列深入解析了苹果砧木诱导矮化的遗传基础。
Li, X., Y. Wang, C. Cai, J. Ji, F. Han, L. Zhang, S. Chen, L. Zhang, Y. Yang, Q. Tang, J. Bucher, X. Wang, L. Yang, M. Zhuang, K. Zhang*, H. Lv*, G. Bonnema*, Y. Zhang* and F. Cheng* (2024). "Large-scale gene expression alterations introduced by structural variation drive morphotype diversification in Brassica oleracea." Nature Genetics 56(3): 517-529. （20240213，中国农业科学院蔬菜花卉研究所，程锋，张扬勇，吕红豪，张亢；荷兰瓦赫宁根大学，Guusje Bonnema）该文章利用不同形态类型的27个高质量甘蓝基因组和704个甘蓝品系重测序数据，表征了结构变异在基因表达过程中的双向作用，揭示了驱动甘蓝驯化和表型多样化的潜在因素。
Lu, Q. *, L. Huang, H. Liu, V. Garg, S. S. Gangurde, H. Li, A. Chitikineni, D. Guo, M. K. Pandey, S. Li, H. Liu, R. Wang, Q. Deng, P. Du, R. K. Varshney*, X. Liang*, Y. Hong* and X. Chen* (2024). "A genomic variation map provides insights into peanut diversity in China and associations with 28 agronomic traits." Nature Genetics 56(3): 530-540. （20240210，广东省农科院作科所，梁炫强，洪彦彬，陈小平，鲁清；澳大利亚莫道克大学，Rajeev K. Varshney）该研究通过大规模的花生种质资源群体基因组重测序，阐明了中国花生的引进与传播途径，解析了花生重要农艺性状遗传变异，揭示了花生遗传改良的分子机制，提出了深入理解花生遗传多样性和传播演化进程的重要线索，为全球花生研究提供丰富的基因组数据资源。
Hu, J., S.-G. Wang, Y. Hou, Z. Chen, L. Liu, R. Li, N. Li, L. Zhou, Y. Yang, L. Wang, L. Wang, X. Yang, Y. Lei, C. Deng, Y. Li, Z. Deng, Y. Ding, Y. Kuang, Z. Yao, Y. Xun, F. Li, H. Li, J. Hu, Z. Liu, T. Wang, Y. Hao, X. Jiao, W. Guan*, Z. Tao*, S. Ren* and K. Chen* (2024). "Multi-omic profiling of clear cell renal cell carcinoma identifies metabolic reprogramming associated with disease progression." Nature Genetics 56(3): 442-457. （20240215，华中科技大学，谌科，陶振，管维；海军军医大学，任善成）基于ccRCC肾癌大队列多组学数据、肾癌III期临床试验数据和TCGA等肾癌公共数据的联合分析，创新性地建立了ccRCC新的分子分型诊疗体系，揭示了ccRCC去脂质透明细胞分化的广泛恶性进展模式。（专家点评Nat Genet | 谌科团队联合建立肾透明细胞癌分子分型诊疗体系）
Ma, P.-F., Y.-L. Liu, C. Guo, G. Jin, Z.-H. Guo, L. Mao, Y.-Z. Yang, L.-Z. Niu, Y.-J. Wang, L. G. Clark, E. A. Kellogg, Z.-C. Xu, X.-Y. Ye, J.-X. Liu, M.-Y. Zhou, Y. Luo, Y. Yang, D. E. Soltis, J. L. Bennetzen, P. S. Soltis and D.-Z. Li* (2024). "Genome assemblies of 11 bamboo species highlight diversification induced by dynamic subgenome dominance." Nature Genetics 56(4): 710-720. （20240315，中国科学院昆明植物研究所，李德铢）从二倍体到四倍体和六倍体的一系列竹子类群作为研究对象，包含11个从头组装的染色体水平的基因组和476个转录组样本，探究了竹子的亚基因组优势和多倍化事件对竹子进化优势性状的塑造。
Hu, Z., Z. Wu, W. Liu, Y. Ning, J. Liu, W. Ding, J. Fan, S. Cai, Q. Li, W. Li, X. Yang, Y. Dou, W. Wang, W. Peng, F. Lu, X. Zhuang, T. Qin, X. Kang, C. Feng, Z. Xu, Q. Lv, Q. Wang, C. Wang, X. Wang, Z. Wang, J. Wang, J. Jiang, B. Wang, G. B. Mills, D. Ma, Q. Gao*, K. Li*, G. Chen*, X. Chen* and C. Sun* (2024). "Proteogenomic insights into early-onset endometrioid endometrial carcinoma: predictors for fertility-sparing therapy response." Nature Genetics 56(4): 637-651. （20240402，华中科技大学，孙朝阳，高庆蕾，李科珍，陈刚；复旦大学，陈晓军）该研究对215例子宫内膜癌患者进行了大规模多组学研究，用以阐明早发性子宫内膜样癌的分子特征。
Wu, B., X. Shentu, H. Nan, P. Guo, S. Hao, J. Xu, S. Shangguan, L. Cui, J. Cen, Q. Deng, Y. Wu, C. Liu, Y. Song, X. Lin, Z. Wang, Y. Yuan, W. Ma, R. Li, Y. Li, Q. Qian, W. Du, T. Lai, T. Yang, C. Liu, X. Ma, A. Chen, X. Xu, Y. Lai*, L. Liu*, M. A. Esteban* and L. Hui* (2024). "A spatiotemporal atlas of cholestatic injury and repair in mice." Nature Genetics 56(5): 938-952. （20240416，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心，惠利健；中国科学院广州生物医药与健康研究院，Miguel A. Esteban；华大，刘龙奇，赖毅维）不仅构建了胆汁淤积损伤与再生的时空转录组图谱，还强调了胆管介导的信号在整个过程中的核心作用。此外，研究发现Atoh8作为一种能够限制肝细胞增殖的调节因子，为肝脏从损伤到修复的转换提供了新的视角。这项研究不仅为理解区域性肝损伤提供了宝贵的数据资源，也为促进胆汁淤积疾病中的肝细胞再生提供了潜在的干预策略。（Nat Genet背靠背 | 描绘肝脏区域性代谢、损伤和再生高分辨率时空组学图谱）
Xu, J., P. Guo, S. Hao, S. Shangguan, Q. Shi, G. Volpe, K. Huang, J. Zuo, J. An, Y. Yuan, M. Cheng, Q. Deng, X. Zhang, G. Lai, H. Nan, B. Wu, X. Shentu, L. Wu, X. Wei, Y. Jiang, X. Huang, F. Pan, Y. Song, R. Li, Z. Wang, C. Liu, S. Liu, Y. Li, T. Yang, Z. Xu, W. Du, L. Li, T. Ahmed, K. You, Z. Dai, L. Li, B. Qin, Y. Li, L. Lai, D. Qin, J. Chen, R. Fan, Y. Li, J. Hou, M. Ott, A. D. Sharma, T. Cantz, A. Schambach, K. Kristiansen, A. P. Hutchins, B. Göttgens, P. H. Maxwell, L. Hui, X. Xu*, L. Liu*, A. Chen*, Y. Lai* and M. A. Esteban* (2024). "A spatiotemporal atlas of mouse liver homeostasis and regeneration." Nature Genetics 56(5): 953-969. （20240416，中国科学院广州生物医药与健康研究院，Miguel A. Esteban；华大，赖毅维，陈奥，刘龙奇，徐讯，郭鹏程）揭示了小鼠肝脏在稳态和再生过程中的细胞类型、基因表达和微环境信号的时空动态变化特征。在肝脏再生方面，研究揭示了肝实质细胞和非实质细胞间如何通过分子梯度和基因网络动态互作来促进肝脏的快速恢复，特别是发现了转录共激活因子Tbl1xr1在连接炎症反应与能量代谢，进而促进肝细胞增殖中的关键作用。（Nat Genet背靠背 | 描绘肝脏区域性代谢、损伤和再生高分辨率时空组学图谱）
Peng, Q., X. Liu, W. Li, H. Jing, J. Li, X. Gao, Q. Luo, C. E. Breeze, S. Pan, Q. Zheng, G. Li, J. Qian, L. Yuan, N. Yuan, C. You, S. Du, Y. Zheng, Z. Yuan, J. Tan, P. Jia, J. Wang, G. Zhang, X. Lu, L. Shi, S. Guo, Y. Liu, T. Ni, B. Wen, C. Zeng, L. Jin, A. E. Teschendorff*, F. Liu* and S. Wang* (2024). "Analysis of blood methylation quantitative trait loci in East Asians reveals ancestry-specific impacts on complex traits." Nature Genetics 56(5): 846-860. （20240419，中国科学院上海营养与健康研究所，汪思佳，Andrew E. Teschendorff；国家生物信息中心，刘凡）首次在中国人群中开展大规模 mQTL 研究，填补了东亚人群 mQTL 研究的空白，揭示了群体特异性mQTL对解释群体特异性遗传关联的显著优势，丰富了我们对人类群体遗传多样性的理解。（Nat Genet丨汪思佳/刘凡/Andrew Teschendorff合作绘制东亚人群DNA甲基化定量性状遗传位点精细图谱）
Wu, X., Z. Hu, Y. Zhang, M. Li, N. Liao, J. Dong, B. Wang, J. Wu, X. Wu, Y. Wang, J. Wang, Z. Lu, Y. Yang, Y. Sun, W. Dong, M. Zhang* and G. Li* (2024). "Differential selection of yield and quality traits has shaped genomic signatures of cowpea domestication and improvement." Nature Genetics 56(5): 992-1005. （20240422，浙江省农业科学院，李国景；浙江大学，张明方）组装了粮用豇豆和菜用豇豆高质量基因组，基于比较基因组研究发现了亚种间大量的基因组结构变异，鉴定出主要与细胞生长和分化过程中胞膜重建有关的糖鞘脂通路上的特异扩张基因，可能与菜用豇豆的超长豆荚生长发育有关；揭示了粮用豇豆特异扩张的基因主要富集在与粮用豇豆碳水化合物积累、抗病抗逆性相关的能量生产与转运通路上。
Han, Z., Z. Wang, D. Rittschof, Z. Huang, L. Chen, H. Hao, S. Yao, P. Su, M. Huang, Y.-Y. Zhang*, C. Ke* and D. Feng* (2024). "New genes helped acorn barnacles adapt to a sessile lifestyle." Nature Genetics 56(5): 970-981. （20240423，厦门大学，柯才焕，冯丹青，张原野）分析了代表性海洋污损生物藤壶附着和壳形成过程，通过探究新基因bcs-6和bsf的起源和功能，揭示了新基因为生物适应独特生境提供关键遗传基础，为海洋防污损技术和仿生材料研发提供重要见解。
Lu, Q., H. Zhao, Z. Zhang, Y. Bai, H. Zhao, G. Liu, M. Liu, Y. Zheng, H. Zhao, H. Gong, L. Chen, X. Deng, X. Hong, T. Liu, B. Li, P. Lu, F. Wen, L. Wang, Z. Li, H. Li, H. Li, L. Zhang, W. Ma, C. Liu, Y. Bai, B. Xin, J. Chen, L. E, J. Lai and W. Song* (2024). "Genomic variation in weedy and cultivated broomcorn millet accessions uncovers the genetic architecture of agronomic traits." Nature Genetics 56(5): 1006-1017. （20240424，中国农业大学，宋伟彬）系统地完成了中国野生黍稷种质资源的收集和基因资源挖掘工作。
Wang, W., J. Duan, X. Wang, X. Feng, L. Chen, C. B. Clark, S. A. Swarm, J. Wang, S. Lin, R. L. Nelson, B. C. Meyers, X. Feng and J. Ma (2024). "Long noncoding RNAs underlie multiple domestication traits and leafhopper resistance in soybean." Nature Genetics 56(6): 1270-1277. （20240429，美国普渡大学，马渐新；中国科学院东北地理与农业生态研究所，冯献忠）揭示了大豆lncRNA起源及一因多效新机制。该研究为植物驯化过程中被选择的突变类型提供了全新的范例，并揭示了长链非编码RNA形成和作用的新机制。
Chen, R. *, K. Chen, X. Yao, X. Zhang, Y. Yang, X. Su, M. Lyu, Q. Wang, G. Zhang, M. Wang, Y. Li, L. Duan, T. Xie, H. Li, Y. Yang, H. Zhang, Y. Guo, G. Jia, X. Ge, P. F. Sarris, T. Lin* and D. Sun* (2024). "Genomic analyses reveal the stepwise domestication and genetic mechanism of curd biogenesis in cauliflower." Nature Genetics 56(6): 1235-1244. （20240507，天津市农业科学院，孙德岭，陈锐；中国农业大学，林涛）构建了涵盖971个花椰菜品系及其近缘物种的变异组图谱，详细划分了花椰菜群体结构，解析了花椰菜分步驯化历程，并获得了一批重要农艺性状的关键调控基因，为加速花椰菜良种创新提供重要的组学大数据基础。
Yu, P. *, C. Li, M. Li, X. He, D. Wang, H. Li, C. Marcon, Y. Li, S. Perez-Limón, X. Chen, M. Delgado-Baquerizo, R. Koller, R. Metzner, D. van Dusschoten, D. Pflugfelder, L. Borisjuk, I. Plutenko, A. Mahon, M. F. R. Resende, S. Salvi, A. Akale, M. Abdalla, M. A. Ahmed, F. M. Bauer, A. Schnepf, G. Lobet, A. Heymans, K. Suresh, L. Schreiber, C. M. McLaughlin, C. Li, M. Mayer, C.-C. Schön, V. Bernau, N. von Wirén, R. J. H. Sawers*, T. Wang* and F. Hochholdinger* (2024). "Seedling root system adaptation to water availability during maize domestication and global expansion." Nature Genetics 56(6): 1245-1256. （20240522，德国波恩大学，于鹏，Frank Hochholdinger；中国农科院作物科学研究所，王天宇；美国宾夕法尼亚大学，Ruairidh Sawers）次揭示了禾本科作物玉米在驯化及全球适应性过程中，种子根系的形成与水分全球地理性分布高度吻合，解析了种子根系形成的遗传基础及适应性轨迹；通过根系原位可视化技术及根系结构功能模型量化种子根变化系统影响整个根系形态及水分吸收的贡献；通过GWAS和基因编辑技术挖掘出控制种子根数目的关键基因ZmHB77，其调节根系结构及玉米苗期抗旱性，最后通过一系列遗传分析发现ZmHB77基因适应自然环境变异，驱动根系结构形态变异与抗旱性共选择及适应的特性。该研究为理解作物驯化、根系遗传及生态适应性提供了典型范例，并为可持续农业发展及应对未来气候变化奠定了重要的理论依据。（Nature Genetics | 中德美科学家联合发现玉米根系驯化及环境适应性遗传机理）
Zhao, H., Y. Lin, E. Lin, F. Liu, L. Shu, D. Jing, B. Wang, M. Wang, F. Shan, L. Zhang, J. C. Lam, S. C. Midla, B. M. Giardine, C. A. Keller, R. C. Hardison, G. A. Blobel* and H. Zhang* (2024). "Genome folding principles uncovered in condensin-depleted mitotic chromosomes." Nature Genetics 56(6): 1213-1224. （20240527，深圳湾实验室，张浩岳；费城儿童医院，Gerd Blobel）利用凝缩蛋白缺失的有丝分裂染色体，揭示了间期细胞中新型的基因组区室化机制。（Nat Genet | 张浩岳/Gerd Blobel合作揭示凝缩蛋白缺失的有丝分裂染色体中基因组折叠的机制）
Wang, M. *, J. Cheng, J. Wu, J. Chen, D. Liu, C. Wang, S. Ma, W. Guo, G. Li, D. Di, Y. Zhang, D. Han, H. J. Kronzucker, G. Xia and W. Shi (2024). "Variation in TaSPL6-D confers salinity tolerance in bread wheat by activating TaHKT1;5-D while preserving yield-related traits." Nature Genetics 56(6): 1257-1269. （20240527，中国科学院南京土壤研究所，王萌）基于六倍体小麦A、B、D亚基因组中部分同源基因之间存在功能冗余和分化的特性，借助群体遗传学挖掘到可显著提高耐盐性但不影响发育的小麦特色等位基因TaSPL6-DIn。
Fu, J., Q. Zhang, J. Wang, M. Wang, B. Zhang, W. Zhu, S. Qiu, Z. Geng, G. Cui, Y. Yu, W. Liao, H. Zhang, B. Gao, X. Xu, T. Han, Z. Yao, W. Qin, F. Liu, M. Liang, S. Wang, Q. Xu, J. Xu, P. Zhang, W. Li, D. Shi, C. Wang, S. Lui, Z. Yan, F. Chen, J. Zhang, J. Li, W. Shen, Y. Miao, D. Wang, J. Xian, J.-H. Gao, X. Zhang, K. Xu, X.-N. Zuo, L. Zhang, Z. Ye, J. Cheng*, M. J. Li*, C. Yu*, and C. C. the (2024). "Cross-ancestry genome-wide association studies of brain imaging phenotypes." Nature Genetics 56(6): 1110-1120. （20240529，天津医科大学，于春水，李俊；郑州大学，程敬亮）这一研究在更多样化的种族中对脑影像表型的遗传构筑提供了更加全面的认识。（Nature Genetics丨于春水领衔CHIMGEN团队报道3414个脑影像表型的跨种族全基因组关联研究）
Liu, M., C. Wang, L. Huo, J. Cao, X. Mao, Z. He, C. Hu, H. Sun, W. Deng, W. He, Y. Chen, M. Gu, J. Liao, N. Guo, X. He, Q. Wu, J. Chen, L. Zhang*, X. Wang*, C. Shang* and J. Dong* (2024). "Complexin-1 enhances ultrasound neurotransmission in the mammalian auditory pathway." Nature Genetics 56(7): 1503-1515. （20240604，广州实验室，董骥，尚从平；北京师范大学，王晓群；广东省科学院动物研究所，张礼标）通过构建蝙蝠的高质量参考基因组和听觉皮层的单细胞图谱，对小蝙蝠和大蝙蝠进行跨物种比较，从而鉴定与超声感知相关的细胞类群和标志基因，并通过结合小鼠模型的功能和行为实验来揭示超声感知的分子机制。（Nat Genet | 董骥/尚从平/王晓群/张礼标合作揭示哺乳动物超声感知的分子机制）
Wang, S., L. Leng, Q. Wang, Y. Gu, J. Li, Y. An, Q. Deng, P. Xie, C. Cheng, X. Chen, Q. Zhou, J. Lu, F. Chen, L. Liu, H. Yang, J. Wang, X. Xu, Y. Hou, F. Gong, L. Hu, G. Lu, Z. Shang* and G. Lin* (2024). "A single-cell transcriptome atlas of human euploid and aneuploid blastocysts." Nature Genetics 56(7): 1468-1481. （20240605，中南大学，林戈；华大生命科学研究院，商周春）首次绘制了人类正常和非整倍体囊胚的单细胞转录组图谱，揭示了全染色体组非整倍体囊胚的剂量效应规律，发现上胚层（Epiblast, EPI）是囊胚发育的调整中心，通过分泌TGF-β和FGF信号通路相关因子介导胚内及胚外谱系细胞的命运，并且TGF-β和FGF信号通路活性下降是非整倍体胚胎（尤其单体胚胎）EPI发育异质性和滋养外胚层（Trophectoderm，TE）成熟不足的重要原因。（Nat Genet | 林戈/商周春合作绘制人类全染色体组非整倍体囊胚的单细胞图谱）
Li, X., L. Bie, Y. Wang, Y. Hong, Z. Zhou, Y. Fan, X. Yan, Y. Tao, C. Huang, Y. Zhang, X. Sun, J. X. H. Li, J. Zhang, Z. Chang, Q. Xi, A. Meng, X. Shen, W. Xie and N. Liu* (2024). "LINE-1 transcription activates long-range gene expression." Nature Genetics 56(7): 1494-1502. （20240607，清华大学，刘念）提供了第一个关于L1表达调控的全基因组筛选结果，系统性鉴定并验证了L1在长程基因激活中的广泛作用, 阐释了L1转录如何促进早期胚胎中ZGA过程的顺利进行，为理解L1在发育和疾病中的生理学功能提供一个新视角。（专家点评Nat Genet | 刘念团队发现LINE-1转录选择性激活远程基因表达）
Wu, W., X. Dong, G. Chen, Z. Lin, W. Chi, W. Tang, J. Yu, S. Wang, X. Jiang, X. Liu, Y. Wu, C. Wang, X. Cheng, W. Zhang, W. Xuan, W. Terzaghi, P. C. Ronald, H. Wang, C. Wang* and J. Wan* (2024). "The elite haplotype OsGATA8-H coordinates nitrogen uptake and productive tiller formation in rice." Nature Genetics 56(7): 1516-1526. （20240613，南京农业大学，万建民，王春明）观测了水稻遗传群体和育种群体的全生育期的分蘖和氮利用效率的表型，克隆了水稻氮高效核心转录因子OsGATA8，阐明了农业生产中过量氮肥施用导致水稻无效分蘖形成的遗传和分子机制。
Zhang, Y., M. Zhao, J. Tan, M. Huang, X. Chu, Y. Li, X. Han, T. Fang, Y. Tian, R. Jarret, D. Lu, Y. Chen, L. Xue, X. Li, G. Qin, B. Li, Y. Sun, X. W. Deng, Y. Deng*, X. Zhang* and H. He* (2024). "Telomere-to-telomere Citrullus super-pangenome provides direction for watermelon breeding." Nature Genetics 56(8): 1750-1761. （20240708，北京大学，张兴平，邓云，何航）完成了西瓜属端粒到端粒超级泛基因组，开启了西瓜种质创新及品种培育新时代。
Dong P, Zhang S, Gandin V, Xie L, Wang L, Lemire AL, Li W, Otsuna H, Kawase T, Lander AD, Chang HY, Liu ZJ. "Cohesin prevents cross-domain gene coactivation". Nature Genetics. 56(8):1654-1664.（20240724，中国科学院深圳先进技术研究院，董鹏；美国霍华德∙休斯医学研究中心/珍利亚研究所，Zhe Liu）发现了黏连蛋白复合体 (Cohesin complex) 可以通过控制三维基因组的折叠来阻止跨结构域基因共转录，从而揭示了基因组三维结构参与基因转录调控的普遍性作用机制。（Nat Genet | 董鹏/Zhe Liu等揭示黏连蛋白复合体阻止跨结构域基因的共转录过程）
Liu, N., X. Lyu, X. Zhang, G. Zhang, Z. Zhang, X. Guan, X. Chen, X. Yang, Z. Feng, Q. Gao, W. Shi, Y. Deng, K. Sheng, J. Ou, Y. Zhu, B. Wang, Y. Bu, M. Zhang*, L. Zhang*, T. Zhao* and Y. Gong* (2024). "Reference genome sequence and population genomic analysis of peas provide insights into the genetic basis of Mendelian and other agronomic traits." Nature Genetics 56(9): 1964-1974. （20240805，浙江省农业科学院，龚亚明；浙江大学，赵汀，张亮生，张明方）从染色体水平对优质菜豌豆品种浙皖1号的基因组进行了组装，并对314份材料的重测序数据进行了分析，建立了豌豆遗传变异的综合图谱。
Zheng, Z. *, Z. Sun, F. Qi, Y. Fang, K. Lin, S. Pavan, B. Huang, W. Dong, P. Du, M. Tian, L. Shi, J. Xu, S. Han, H. Liu, L. Qin, Z. Zhang, X. Dai, L. Miao, R. Zhao, J. Wang, Y. Liao, A. Li, J. Ruan, C. Delvento, R. Aiese Cigliano, C. Maliepaard, Y. Bai, R. G. F. Visser and X. Zhang* (2024). "Chloroplast and whole-genome sequencing shed light on the evolutionary history and phenotypic diversification of peanuts." Nature Genetics.（20240813，河南省农业科学院，张新友，郑峥）通过结合大量种质收集的叶绿体和全基因组序列数据，表明A. hypogaea的两个亚种(hypogaea和fastigiata) 可能起源于不同的异源多倍体化和驯化事件。
Huang, G. *, Z. Bao, L. Feng, J. Zhai, J. F. Wendel, X. Cao and Y. Zhu* (2024). "A telomere-to-telomere cotton genome assembly reveals centromere evolution and a Mutator transposon-linked module regulating embryo development." Nature Genetics.（20240815，北京大学，朱玉贤，黄盖）通过解析首个端粒到端粒的雷蒙德氏棉（四倍体棉的祖先种）基因组完整序列图谱，揭示了其独特的着丝粒结构类型及表观图谱。通过深入挖掘功能性转座子，发现由三个新分子（miR2947-DNA转座子MuTC01-加倍基因LEC2b）组成的三级小RNA调控机制，从而阐明了棉花复杂折叠胚胎形成的分子调控与演化机制。（Nature Genetics | 朱玉贤院士团队发布首个棉花基因组完整图谱，阐述棉族独特折叠胚胎形成的分子与演化机制）
Zhang, C. *, Z. Shao, Y. Kong, H. Du, W. Li, Z. Yang, X. Li, H. Ke, Z. Sun, J. Shao, S. Chen, H. Zhang, J. Chu, X. Xing, R. Tian, N. Qin, J. Li, M. Huang, Y. Sun, X. Huo, C. Meng, G. Wang, Y. Liu, Z. Ma*, S. Tian* and X. Li* (2024). "High-quality genome of a modern soybean cultivar and resequencing of 547 accessions provide insights into the role of structural variation." Nature Genetics.（20240909，河北农业大学，张彩英，李喜焕、马峙英；北京诺禾致源生物科技公司研究员，田仕林）组装高产优质抗病现代品种“农大豆2号”高质量基因组，在基因组水平发掘现代大豆育成品种特有结构变异及其作用，并揭示影响黄淮海地区大豆群体重要产量和品质性状的结构变异与基因，为大豆遗传改良提供新的理论依据和基因组资源。
Du, Z., L. Hu, Z. Zou, M. Liu, Z. Li, X. Lu, C. Harris, Y. Xiang, F. Chen, G. Yu, K. Xu, F. Kong, Q. Xu, B. Huang, L. Liu, Q. Fan, H. Wang*, S. Kalantry* and W. Xie* (2024). "Stepwise de novo establishment of inactive X chromosome architecture in early development." Nature Genetics.（20240910，清华大学，颉伟，王海峰；美国密歇根大学，Sundeep Kalantry）系统性描绘了小鼠胚胎失活X染色体三维染色质构象的从头建立过程，其中首次报道了胚胎发育早期失活的X染色体呈现出一种特殊的染色质高级结构，并深入探究了其形成的分子机制和参与平衡失活X染色体上必要基因激活和全局性转录沉默的潜在功能，为深入理解X染色体失活机制以及染色体高级结构与基因转录调控关系提供了重要参考。（Nat Genet丨颉伟/王海峰等报道小鼠胚胎失活X染色体高级结构从头建立过程及其调控机制）
Zhu, J., K. Pang, B. Hu, R. He, N. Wang, Z. Jiang, P. Ji and F. Zhao* (2024). "Custom microfluidic chip design enables cost-effective three-dimensional spatiotemporal transcriptomics with a wide field of view." Nature Genetics.（20240910，中国科学院动物研究所，赵方庆）该研究团队通过创新的网格化微流控芯片设计，结合碳二亚胺化学和新的空间编码技术，开发了一种高通量、大视野的空间转录组学新技术（MAGIC-seq）。（专家点评Nat Genet | 赵方庆团队建立高通量大视野空间转录组学新技术）
Dong, Z. *, G. Hu, Q. Chen, E. A. Shemyakina, G. Chau, C. J. Whipple, J. C. Fletcher and G. Chuck* (2024). "A regulatory network controlling developmental boundaries and meristem fates contributed to maize domestication." Nature Genetics.（20241016，中国农业大学，董朝斌；美国加州大学伯克利分校，George Chuck）该研究鉴定了玉米新的驯化关键基因 tsh4 ，并揭示了 tsh4 位于目前已知玉米株型穗型驯化调控网络最上游，阐明了驯化过程兼顾不同发育时期、不同性状的分子调控机理。该研究为进一步开展玉米株型和穗型的遗传改良提供重要理论指导。
Li, J., Z. Liu, C. You, Z. Qi, J. You, C. E. Grover, Y. Long, X. Huang, S. Lu, Y. Wang, S. Zhang, Y. Wang, R. Bai, M. Zhang, S. Jin, X. Nie, J. F. Wendel, X. Zhang* and M. Wang* (2024). "Convergence and divergence of diploid and tetraploid cotton genomes." Nature Genetics.（20241029，华中农业大学，王茂军，张献龙）构建了二倍体亚洲棉和四倍体陆地棉的图形泛基因组，解析了不同棉种纤维品质形成的遗传调控共性和分歧模块。这一重大突破为棉花生物育种优异遗传资源精准创制开辟了新途径，为在不同倍性植物中解析同一性状形成的遗传调控机制提供了参考。
Zhu, M., T. Zhong, L. Xu, C. Guo, X. Zhang, Y. Liu, Y. Zhang, Y. Li, Z. Xie, T. Liu, F. Jiang, X. Fan, P. Balint-Kurti and M. Xu* (2024). "The ZmCPK39–ZmDi19–ZmPR10 immune module regulates quantitative resistance to multiple foliar diseases in maize." Nature Genetics.（20241104，中国农业大学，徐明良）详细阐述了广谱数量抗病基因的克隆和抗病分子机制。这一成果极大丰富了人们对植物在自然条件下应对多种病原菌的遗传基础和分子机制的了解，同时为抗病分子育种提供了重要的基因资源。
Liu, Z., N. Wang, Y. Su, Q. Long, Y. Peng, L. Shangguan, F. Zhang, S. Cao, X. Wang, M. Ge, H. Xue, Z. Ma, W. Liu, X. Xu, C. Li, X. Cao, B. Ahmad, X. Su, Y. Liu, G. Huang, M. Du, Z. Liu, Y. Gan, L. Sun, X. Fan, C. Zhang, H. Zhong, X. Leng, Y. Ren, T. Dong, D. Pei, X. Wu, Z. Jin, Y. Wang, C. Liu, J. Chen, B. Gaut, S. Huang, J. Fang*, H. Xiao* and Y. Zhou* (2024). "Grapevine pangenome facilitates trait genetics and genomic breeding." Nature Genetics.（20241104，中国农业科学院深圳农业基因组研究所，周永锋，肖华；南京农业大学，房经贵）该研究构建了首个驯化葡萄Grapepan v1.0图泛参考基因组，成功消除了单参考基因组的偏差。
Zhang, Y., Z. Yang, Y. He, D. Liu, Y. Liu, C. Liang, M. Xie, Y. Jia, Q. Ke, Y. Zhou, X. Cheng, J. Huang, L. Liu, Y. Xiang, H. Raman, D. J. Kliebenstein, S. Liu* and Q.-Y. Yang* (2024). "Structural variation reshapes population gene expression and trait variation in 2,105 Brassica napus accessions." Nature Genetics.（20241105，中国农业科学院油料作物研究所，刘胜毅；华中农业大学，杨庆勇）提供了一种高通量基因挖掘和功能解析的方法策略，而且为油菜基因组研究和生物育种产业提供了全面的基因资源和优异育种材料。（Nature Genetics | 刘胜毅/杨庆勇团队合作揭示基因组结构变异重塑油菜基因表达和性状变异机制）
Guo W, Zhang X, Li L, Shao P, Liang C, Zhang H, Liu K, Wang S, Peng Y, Luo J, Ju Y, De Marzo AM, Yu C, Chen L, Zhou B, Gao D(2024). （20241113，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心，高栋，周斌，陈洛南；深圳湾实验室，于晨). JAK/STAT signaling maintains an intermediate cell population during prostate basal cell fate determination. Nature Genetics. （）通过单细胞转录组测序技术结合一系列增强双同源重组酶谱系示踪系统，发现同时表达基底细胞和管腔细胞标志物的前列腺中间态细胞（Basal-B细胞），揭示JAK/STAT信号通路在前列腺炎症和肿瘤起始等过程中对Basal-B细胞功能维持和谱系可塑性的重要作用，这一发现为前列腺炎症等疾病提供了潜在治疗新靶点。（Nat Genet | 高栋/周斌/陈洛南/于晨发现前列腺中间态细胞的身份及JAK/STAT对其细胞命运决定的重要作用）
Yan, Y., D. Sun, J. Hu, Y. Chen, L. Sun, H. Yu, Y. Xiong, Z. Huang, H. Xia, X. Zhu, D. Bian, F. Sun, L. Hou, C. Wu, O. R. Fan, H. Hu, A. Zeng, L. Zhang, Y. E. Sun, C. Wang and P. Zhang (2024). "Multi-omic profiling highlights factors associated with resistance to immuno-chemotherapy in non-small-cell lung cancer." Nature Genetics.（20241210，同济大学，张鹏，王晨飞，院孙毅；中国科学院分子细胞科学卓越创新中心，曾安）利用空间转录组，单细胞转录组及bulk转录组测序、以及多色荧光染色系统刻画NSCLC的TME在新辅助免疫治疗中的动态变化，鉴定出新的生物标志物以及潜在的耐药的新机制。（Nature Genetics | 张鹏/王晨飞/孙毅/曾安团队合作揭示非小细胞肺癌免疫联合化疗的耐药因素）

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