不懂R，怎么分析GEO的数据（2）？

上期我们介绍了通过GEO2R分析GEO的数据（ 不懂R，怎么分析GEO的数据（1）？ ），今天我们再来介绍一个好用的工具：

BRB-ArrayTools ：https://linus.nci.nih.gov/BRB-ArrayTools/

这个是TCGA官网上附带的一个工具，需要下载安装，

安装后会添加到Excel上，在Excel加载项中可以直接使用：

打开后，我们直接输入GSE85841登录号 E85841

然后单击OK，软件是基于R语言的，单击OK后会下载数据，下载后需要进行Log2转换：

单击后在下面的界面中选择Next：

这样数据就导进来了：

这里我们可以设置最小阈值，默认值是10；标准化方法是quantile，我们选择默认：

这里可以设置差异的倍数，默认的是1.5倍：

我们直接选择默认后单击OK就好了，共有24387个基因符合条件：

然后选择注释方式：用默认的：Annotate data with Bioconductor packages:

再选择基因symbol和物种即可：

这样注释就好了。也可以跳过：

接下来，我们接着可以绘制一系列的图，比如散点图和箱式图：

样本与样本之间：

显示表型之间的，癌症和癌旁的:

接下来是箱式图：

我们再看聚类的热图：

在下面的界面中我们选择欧氏距离：

然后单击OK，这里提示由于基因比较多，需要内存空间比较大，大家需要等一下：

单击“是”后大家等一下就出来了：

接下来我们进行比较：

这样我们就能看到结果了:

这里既有FDR，P value，又有倍数，还有基因的信息。

另外，我们还可以进行SAM分析并寻找差异基因：

结果如下：

另外，我们还可以进行预测分类，比如进行PAM分析：