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秦置淮阴县。因在淮河之南故名。
1949年4月21日，淮阴专区辖淮阴、淮宝（由原淮安、宝应两县运河以西的部分地区所组成，县人民政府驻岔河镇）、泗阳、沭阳、灌云、宿迁、睢宁、新安（由原沭阳、宿迁两县的一部分地区所组成，县人民政府驻新安镇）、邳睢（由原邳县陇海路南及睢宁县北部地区所组成，县人民政府驻土山镇）、涟水10县。专员公署驻淮阴县。1950年5月12日，撤销淮宝县，分别并入淮阴、淮安和扬州专区的宝应3县。1950年12月18日，淮阴县城区改名清江市，淮阴专区辖1市9县。
1953年1月江苏建省后，淮阴专区属江苏省领导；原新安县改称新沂县，邳睢县政府迁驻运河镇；淮阴专区辖清江市和淮阴、涟水、灌云、泗阳、沭阳、新沂、宿迁、邳睢、睢宁县1市9县，专署驻清江市。同年，睢宁、邳睢、新沂3县划归徐州专区。1954年，清江市改为省辖市，仍接受淮阴专署领导；盐城专区所属淮安县划入淮阴专区，辖7县。同年12月，原属安徽省宿县专区的泗洪县，滁县专区的盱眙县划入淮阴专区，辖9县。
1956年，由泗洪、淮阴、盱眙3县部分地区合并设置洪泽县（驻高良涧）。1957年，由灌云、涟水2县各一部分地区合并设新安行政办事处，属专署管辖。后新安行政办事处改为灌南县。1958年，撤销淮阴县，并入清江市，并将清江市改名为淮阴市，划归淮阴专署领导；淮阴专区辖1市10县。1964年，淮阴仍改为清江市，恢复淮阴县（驻清江市）。1966年，将盱眙县划归六合专区。淮阴专区辖1市10县。
1970年，淮阴专区改称淮阴地区，专署驻清江市，辖清江市及灌云、灌南、沭阳、宿迁、泗阳、涟水、淮阴、淮安、洪泽、泗洪县1市10县。1971年，原六合地区所属盱眙、金湖2县划入淮阴地区，辖1市12县。1975年，淮阴县政府由清江市迁驻王营镇。淮阴地区辖清江市及灌云、灌南、沭阳、宿迁、泗阳、盱眙、涟水、淮阴、淮安、洪泽、泗洪、金湖县1市12县。
1983年，清江市更名为淮阴市，改由省直辖；撤销淮阴地区，将灌南、沭阳、宿迁、泗阳、涟水、淮阴、泗洪、淮安、洪泽、盱眙、金湖11个县划归淮阴市领导，将灌云县划归连云港市领导。淮阴市区设清河、清浦2个区。1987年12月起，经国务院批准，先后撤销宿迁、淮安县，改设宿迁、淮安市。淮阴市共辖2市9县2区。1996年，宿迁市升格为地级市。将淮阴市的沭阳、泗阳、泗洪3县划归宿迁市管辖，灌南县划归连云港市管辖。调整后的淮阴市辖淮阴、涟水、金湖、洪泽、盱眙5个县和清河、清浦2个区，代管淮安市。
2000年12月21日，国务院批准：淮阴市更名为淮安市，市人民政府驻清河区；同时撤销县级淮安市，设立淮安市楚州区，以原县级淮安市的行政区域为楚州区行政区域，区人民政府驻淮城镇；撤销淮阴县，设立淮安市淮阴区，以原淮阴县的行政区域为淮阴区的行政区域，区人民政府驻王营镇；地级淮安市辖盱眙县、涟水县、金湖县、洪泽县、清河区、清浦区和新设立的楚州区、淮阴区。将盱眙县东阳乡的永丰村、瓦地村及马坝镇的楼庄村划归金湖县戴楼乡管辖。淮安市共辖4县（市）4区。
2003年12月11日，省政府（苏政复[2003]109号）批复同意将淮安市楚州区部分村组划归清河区管辖：将楚州区南马厂乡小堆村、高张村以及马厂村的一、二、三、四村民组，席桥镇熊胡村、福康村划归清河区徐杨乡管辖。
2009年末，淮安市总面积8962平方千米，户籍人口534.16万人。清河区面积29平方千米，人口23.01万人（均不包含淮安经济开发区在内）。楚州区面积1522平方千米，人口116.23万人。淮阴区面积1264平方千米，人口90.00万人。清浦区面积296平方千米，人口31.77万人。涟水县面积1670平方千米，人口108.55万人。洪泽县面积1394平方千米，人口38.87万人。盱眙县面积2493平方千米，人口75.95万人。金湖县面积1344平方千米，人口36.27万人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）
